एसबीएससीएल

अंग्रेजी जून 2026 SBSCL मूल लेखक — एंड्रियास ड्रेगर, रोलैंड केलर, अलेक्ज़ेंडर डॉर। डेवलपर — सामुदायिक योगदानकर्ता। प्रारंभिक रिलीज़ — 12 अगस्त 2011; 14 वर्ष पहले। स्थिर रिलीज़ — 2.1 / 21 अप्रैल 2021; 5 वर्ष पहले। किस भाषा में लिखा गया — जावा™। ऑपरेटिंग सिस्टम — लिनक्स, मैकओएस और माइक्रोसॉफ्ट विंडोज़। लाइसेंस — LGPL। वेबसाइट — github.com/draeger-lab/SBSCL SBSCL https://github.com/draeger-lab/SBSCL सिस्टम बायोलॉजी सिमुलेशन कोर लाइब्रेरी (एसबीएससीएल) एक ओपन-सोर्स, क्रॉस-प्लेटफ़ॉर्म शुद्ध जावा टीएम प्रोग्रामिंग लाइब्रेरी है जो एसबीएमएल (सिस्टम बायोलॉजी मार्कअप लैंग्वेज) और एसईडी-एमएल (सिमुलेशन एक्सपेरिमेंट डिस्क्रिप्शन मार्कअप लैंगवेज) प्रारूपों में एन्कोडेड कम्प्यूटेशनल मॉडल के सिमुलेशन और विश्लेषण का समर्थन करती है।Panchiwala Hemil Shah Shalin Planatscher Hannes Zakharchuk Mykola König Matthias Dräger Andreas Andreas Dräger 12 January 2022 The systems biology simulation core library https://academic.oup.com/bioinformatics/article-pdf/38/3/864/49008246/btab669.pdf Bioinformatics 38 3 864–865 10.1093/bioinformatics/btab669 8756180 34554191Keller Roland Dörr Alexander Tabira Akito Funahashi Akira Ziller Michael J Adams Richard Rodriguez Nicolas Novère Nicolas Le Nicolas Le Novère Hiroi Noriko December 2013 The systems biology simulation core algorithm https://bmcsystbiol.biomedcentral.com/counter/pdf/10.1186/1752-0509-7-55.pdf BMC Systems Biology 7 1 55 10.1186/1752-0509-7-55 23826941 free एस. बी. एस. सी. एल. संख्यात्मक समाधान और अनुकरण एल्गोरिदम का एक मजबूत और विस्तार योग्य जावा-आधारित कार्यान्वयन प्रदान करता है, जिससे यह सिस्टम जीव विज्ञान में शोधकर्ताओं और डेवलपर्स के लिए एक मूल्यवान उपकरण बन जाता है। एसबीएससीएल, एक अन्य ओपन-सोर्स लाइब्रेरी, जेएसबीएमएल के शीर्ष पर निर्मित, जावा वर्चुअल मशीन का समर्थन करने वाले किसी भी वातावरण में प्लेटफॉर्म-स्वतंत्र मॉडल सिमुलेशन को सक्षम बनाता है।Dräger A. Rodriguez N. Dumousseau M. Dorr A. Wrzodek C. Le Novère N. Nicolas Le Novère Zell A. Hucka M. 2011 JSBML: A flexible Java library for working with SBML http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/27/15/2167.full.pdf Bioinformatics 27 15 2167–2168 10.1093/bioinformatics/btr361 3137227 21697129Rodriguez N. Thomas A. Watanabe L. Vazirabad I. Y. Kofia V. Gómez H. F. Mittag F. Matthes J. Rudolph J. D. 2022 JSBML 1.0: providing a smorgasbord of options to encode systems biology models http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/30/bioinformatics.btv341.full.pdf Bioinformatics 31 20 3383–3386 10.1093/bioinformatics/btv341 4595895 26079347 इसमें सामान्य विभेदक समीकरणों और जैविक मॉडल में वर्णित अन्य गतिशील व्यवहारों को हल करने के लिए संख्यात्मक विधियों का एक व्यापक समूह शामिल है। एस. बी. एस. सी. एल. को पुनः प्रयोज्य सॉफ्टवेयर लाइब्रेरी के रूप में डिज़ाइन किया गया है और यह डिफ़ॉल्ट रूप से जी. यू. आई. या सी. एल इसके बजाय, इसे बड़ी सॉफ्टवेयर परियोजनाओं में एम्बेड करने का इरादा है जहां कस्टम यूजर इंटरफेस को आवश्यकता के अनुसार विकसित किया जा सकता है। शोधकर्ता एसबीएससीएल को अपनी जावा परियोजनाओं में सीधे अपने अपाचे मावेन या ग्रेडल निर्भरता के माध्यम से एसबीएमएल मॉडल का प्रोग्रामिक रूप से अनुकरण करने के लिए एकीकृत कर सकते हैं। क्षमताएं एस. बी. एस. सी. एल. प्रणाली जीव विज्ञान में कम्प्यूटेशनल मॉडल के अनुकरण और विश्लेषण के लिए सुविधाओं की एक विस्तृत श्रृंखला प्रदान करता है। 1. एक साधारण विभेदक समीकरण ढांचे में संख्यात्मक अनुकरण एलएसओडीए-इंटीग्रेटर (सामान्य डिफरेंशियल समीकरण के लिए लिवरमोर सॉल्वर) सामान्य ओडीई वाले मॉडल के अनुकरण के लिए स्वचालित कठोर विभेदक समीकरण प्रणालियों के एकीकरण के लिए रोसेनब्रॉक सॉल्वर अपाचे कॉमन्स मैथ पुस्तकालय से कई समाधानकर्ता शामिल हैं।https://commons.apache.org/proper/commons-math/ The Apache Commons Mathematics Library एस. बी. एम. एल. व्याख्या और एकीकरण दिनचर्या का स्पष्ट पृथक्करण परिवर्तित वाक्यविन्यास ग्राफ का उपयोग करके त्वरित एस. बी. एम. एल. व्याख्या एस. बी. एम. एल. घटनाओं, बीजगणितीय नियमों और तीव्र प्रतिक्रियाओं का पूर्ण समर्थन सभी स्तरों और संस्करणों के लिए एसबीएमएल टेस्ट सूट से सभी मॉडलों का समर्थन फ्लक्स बैलेंस बाधाओं (एफबीसी) और पदानुक्रमित मॉडल संरचना (कॉम एक्सटेंशन) के साथ संगत। 2. यादृच्छिक अनुकरण ढांचा FERN पुस्तकालय से विभिन्न समाधानकों का समर्थन करता है गिलेस्पी एल्गोरिथम का उपयोग वर्तमान में एस. बी. एम. एल. मॉडल को हल करने के लिए किया जाता है। सभी स्तरों और संस्करणों के लिए स्टोकेस्टिक टेस्ट सूट से मॉडल का समर्थन 3. रैखिक अनुकूलन ढांचा पुस्तकालयों में सिम्प्लेक्स एल्गोरिथम के बाहरी कार्यान्वयन का समावेश, जैसे गुरोबी, सी. पी. एल. ई. एक्स, और कई अन्य, रैखिक अनुकूलन के माध्यम से अनुकरण मॉडल का समर्थन करते हैं। फिलहाल, कार्यान्वयन में फ्लक्स संतुलन विश्लेषण शामिल है। 4. एस. ई. डी.-एम. एल. के लिए समर्थन सिमुलेशन एक्सपेरिमेंट डिस्क्रिप्शन मार्कअप लैंग्वेज (एस. ई. डी.-एम. एल. ए.) में वर्णित मॉडलों की पूरी तरह से व्याख्या और अनुकरण करता है। 5. आँकड़ा विश्लेषण कार्य कई गुणवत्ता कार्य सिम्युलेटेड डेटा से दिए गए डेटा तक की दूरी की गणना कर सकते हैं और मॉडल अंशांकन के लिए एक आधार प्रदान कर सकते हैं। 6. अनुप्रयोग प्रोग्रामिंग इंटरफेस समर्थन एक अच्छी तरह से परिभाषित एपीआई प्रदान करता है, जो अन्य सॉफ्टवेयर परियोजनाओं में एकीकरण या अपाचे मावेन या ग्रैडल के माध्यम से जावा अनुप्रयोगों में प्रत्यक्ष उपयोग को सक्षम करता है। समर्थित पैकेज सिस्टम बायोलॉजी मार्कअप लैंग्वेज (L1V1-L3V2) <i id="mwXw">एफबीसी</i> वी1 और वी2 के साथ एसबीएमएल मॉडल कॉम्प एक्सटेंशन के साथ एस. बी. एम. एल. मॉडल अनुकरण प्रयोग विवरण मार्कअप भाषा (L1V3) कॉम्बीन अभिलेख और ओएमईएक्स प्रारूप एस. बी. एम. एल. टेस्ट सुइट और बी. आई. जी. जी. मॉडल डेटाबेस से सभी मॉडल स्टोकेस्टिक टेस्ट सूट के सभी मॉडल आवेदन एस. बी. एस. सी. एल. कई वर्षों से सिस्टम जीव विज्ञान समुदाय का हिस्सा रहा है और समय के साथ इसे अपनाने में भी व्यापक रूप से वृद्धि हुई है, मुख्य रूप से एस. बी, एम. एल. मॉडल के अनुकरण के लिए अनुसंधान वातावरण में। यह विभिन्न एसबीएमएल-संबंधित सॉफ्टवेयर जैसे एसबीएमएलए सिम्युलेटर और सेलडिजाइनर को भी होस्ट करता है।Dörr Alexander Keller Roland Zell Andreas Dräger Andreas Andreas Dräger 18 December 2014 SBMLSimulator: A Java Tool for Model Simulation and Parameter Estimation in Systems Biology Computation 2 4 246–257 10.3390/computation2040246 7093077 32211200 freeFunahashi Akira Morohashi Mineo Kitano Hiroaki Hiroaki Kitano Tanimura Naoki November 2003 CellDesigner: a process diagram editor for gene-regulatory and biochemical networks Biosilico 1 5 159–162 10.1016/S1478-5382(03)02370-9 इसका उपयोग बेसिलस एसपीपी में जस्ता परिवहन मॉडल के लिए भी किया गया है।Bhatt Kalpana Maheshwari Dinesh Kumar 22 January 2022 Insights into zinc-sensing metalloregulator 'Zur' deciphering mechanism of zinc transportation in Bacillus spp. by modeling, simulation and molecular docking Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 40 2 764–779 10.1080/07391102.2020.1818625 32924811 और स्ट्रेप्टोमाइसेस टॉक्सीट्रिसिनी में गैर-ऑक्सीडेटिव ग्लाइकोटिक मार्ग इंजीनियरिंग पर अनुसंधान करने के लिए Jatain Indu Yadav Karuna Nitharwal Ram Gopal Arora Devender Dubey Kashyap Kumar September 2022 A system biology approach for engineering non-oxidative glycolysis pathway in Streptomyces toxytricini for high lipstatin biosynthesis Bioresource Technology Reports 19 2022BiTeR..1901188J 10.1016/j.biteb.2022.101188 यह भी देखें सिस्टम बायोलॉजी मॉडलिंग सॉफ्टवेयर की सूची संदर्भ पंचीवाला, हेमिल; शाह, शालिन; प्लानाट्शर, हान्स; ज़ाखार्चुक, मायकोला; कोनिग, मैथियास; ड्रेगर, एंड्रियास (12 जनवरी 2022). “सिस्टम्स बायोलॉजी सिमुलेशन कोर लाइब्रेरी” (PDF). बायोइन्फॉर्मेटिक्स. 38 (3): 864–865। केलर, रोलैंड; डॉर, अलेक्ज़ेंडर; तबीरा, अकितो; फुनाहाशी, अकीरा; ज़िलर, माइकल जे.; एडम्स, रिचर्ड; रोड्रिगेज़, निकोलस; ले नोवेर, निकोलस; हिरोई, नोरिको; प्लानाट्शर, हान्स; ज़ेल, एंड्रियास; ड्रेगर, एंड्रियास (दिसंबर 2013). “सिस्टम्स बायोलॉजी सिमुलेशन कोर एल्गोरिथ्म” (PDF). बीएमसी सिस्टम्स बायोलॉजी. 7 (1): 55। ड्रेगर, ए.; रोड्रिगेज़, एन.; ड्यूमूसो, एम.; डॉर, ए.; व्रज़ोडेक, सी.; ले नोवेर, एन.; ज़ेल, ए.; हक्का, एम. 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