लाइब्रॉडरनर

अंग्रेजी जून 2026 libroadrunner 2015 03 23 2.6.0 2024 03 26 Python, C++, C, FORTRAN Linux, macOS and Microsoft Windows Apache License https://github.com/sys-bio/roadrunnerlibRoadRunner एक सी/सी + + सॉफ्टवेयर लाइब्रेरी है जो एसबीएमएल आधारित मॉडल के अनुकरण का समर्थन करती है। यह अत्यंत उच्च-प्रदर्शन कोड उत्पन्न करने के लिए एलएलवीएम का उपयोग करता है और वर्तमान में उपलब्ध सबसे तेज़ एसबीएमएल-आधारित सिम्युलेटर है।Somogyi Endre T. Bouteiller Jean-Marie Glazier James A. König Matthias Medley J. Kyle Swat Maciej H. Sauro Herbert M. 15 October 2015 libRoadRunner: a high performance SBML simulation and analysis library: Table 1. Bioinformatics 31 20 3315–3321 10.1093/bioinformatics/btv363 4607739 26085503Maggioli F Mancini T Tronci E 1 April 2020 SBML2Modelica: integrating biochemical models within open-standard simulation ecosystems Bioinformatics 36 7 2165–2172 2106.02609 10.1093/bioinformatics/btz860 31738386 इसका मुख्य उद्देश्य एक पुनः प्रयोज्य पुस्तकालय के रूप में उपयोग के लिए है जिसे अन्य अनुप्रयोगों द्वारा होस्ट किया जा सकता है, विशेष रूप से बड़े गणना समूहों पर पैरामीटर अनुकूलन करने के लिए जहां प्रदर्शन महत्वपूर्ण है। इसमें पायथन बाइंडिंग का एक सेट भी है जो इसे पायथन से आसानी से उपयोग करने के साथ-साथ जूलिया के लिए बाइंडिंग के एक सेट की अनुमति देता है।Welsh Ciaran Xu Jin Smith Lucian König Matthias Choi Kiri Sauro Herbert M 1 January 2023 libRoadRunner 2.0: a high performance SBML simulation and analysis library Bioinformatics 39 1 1503.01095 10.1093/bioinformatics/btac770 9825722 36478036 libroadrunner को अक्सर टेलुरियम के साथ जोड़ा जाता है, जो एंटीमनी स्क्रिप्टिंग जैसी अतिरिक्त कार्यक्षमता जोड़ता है।Choi Kiri Medley J. Kyle König Matthias Stocking Kaylene Smith Lucian Gu Stanley Sauro Herbert M. September 2018 Tellurium: An extensible python-based modeling environment for systems and synthetic biology Biosystems 171 74–79 2018BiSys.171...74C 10.1016/j.biosystems.2018.07.006 6108935 30053414Smith L. P. Bergmann F. T. Chandran D. Sauro H. M. 15 September 2009 Antimony: a modular model definition language Bioinformatics 25 18 2452–2454 10.1093/bioinformatics/btp401 2735663 19578039 क्षमताएं सी. वी. ओ. डी. ई., आर. के. 45, और साधारण विभेदक समीकरणों के यूलर सॉल्वर का उपयोग करके समय-पाठ्यक्रम अनुकरण, जो समय के साथ प्रणाली की परिवर्तनीय सांद्रता और प्रतिक्रिया दरों पर रिपोर्ट कर सकते हैं। गैर-रैखिक सॉल्वर जैसे कि किन्सॉल्व और एन. एल. ई. क्यू. 2 का उपयोग करके स्थिर-अवस्था गणनाHindmarsh Alan C. Brown Peter N. Grant Keith E. Lee Steven L. Serban Radu Shumaker Dan E. Woodward Carol S. September 2005 SUNDIALS: Suite of nonlinear and differential/algebraic equation solvers https://archive.org/details/sim_acm-transactions-on-mathematical-software_2005-09_31_3/page/362 ACM Transactions on Mathematical Software 31 3 363–396 10.1145/1089014.1089020 15002968 6826941Newton Methods for Nonlinear Problems Deuflhard P 2004 Springer-Verlag, NY मानक गिलेस्पी एल्गोरिथम का उपयोग करके यादृच्छिक अनुकरण। यह स्थिर-अवस्था (Steady-state) तथा समय-निर्भर (Time-dependent) दोनों प्रकार के मेटाबॉलिक नियंत्रण विश्लेषण का समर्थन करता है। इसमें दर समीकरणों के बीजगणितीय या संख्यात्मक अवकलन द्वारा परिवर्ती मेटाबोलाइट्स के प्रति इलास्टिसिटी की गणना की जाती है, तथा मैट्रिक्स इन्वर्ज़न और पर्टर्बेशन विधियों की सहायता से फ्लक्स और सांद्रता नियंत्रण गुणांकों की गणना भी की जाती है। libroadrunner एक स्टोइकोमेट्रिक मॉडल के संरचनात्मक मैट्रिक्स (जैसे के-और एल-मैट्रिक्स) की गणना भी करेगा।Kerkhoven Eduard J. Achcar Fiona Alibu Vincent P. Burchmore Richard J. Gilbert Ian H. Trybiło Maciej Driessen Nicole N. Gilbert David Breitling Rainer 5 December 2013 Handling Uncertainty in Dynamic Models: The Pentose Phosphate Pathway in Trypanosoma brucei PLOS Computational Biology 9 12 2013PLSCB...9E3371K 10.1371/journal.pcbi.1003371 3854711 24339766 free प्रणाली की स्थिरता की जाँच प्रणाली के आइगेनवैल्यू के माध्यम से की जा सकती है। डेटा और परिणामों को matplotlib के माध्यम से प्लॉट किया जा सकता है, या टेक्स्ट फ़ाइलों में सहेजा जा सकता है। libroadrunner मानक एस. बी. एम. एल. के आयात और निर्यात का समर्थन करता है। आवेदन सिस्टम बायोलॉजी मॉडलिंग में अनुसंधान करने के साथ-साथ अन्य सिमुलेशन प्लेटफार्मों के लिए एक मेजबान होने के लिए सिस्टम बायोलॉजी समुदाय में libroadrunner का व्यापक रूप से उपयोग किया गया है। सॉफ्टवेयर अनुप्रयोग जो libroadrunner का उपयोग करते हैं कम्पूसेल3डी CRNT4SBML Reyes Brandon C Otero-Muras Irene Shuen Michael T Tartakovsky Alexandre M Petyuk Vladislav A 1 June 2020 CRNT4SBML: a Python package for the detection of bistability in biochemical reaction networks Bioinformatics 36 12 3922–3924 10.1093/bioinformatics/btaa241 32289149 free डिविपैक Nguyen Lan K. Degasperi Andrea Cotter Philip Kholodenko Boris N. December 2015 DYVIPAC: an integrated analysis and visualisation framework to probe multi-dimensional biological networks Scientific Reports 5 1 2015NatSR...512569N 10.1038/srep12569 4518224 26220783 massPy Haiman Zachary B. Zielinski Daniel C. Koike Yuko Yurkovich James T. Palsson Bernhard O. 28 January 2021 MASSpy: Building, simulating, and visualizing dynamic biological models in Python using mass action kinetics PLOS Computational Biology 17 1 2021PLSCB..17E8208H 10.1371/journal.pcbi.1008208 7872247 33507922 free PyBioNetFit Neumann Jacob Lin Yen Ting Mallela Abhishek Miller Ely F Colvin Joshua Duprat Abell T Chen Ye Hlavacek William S Posner Richard G 4 March 2022 Implementation of a practical Markov chain Monte Carlo sampling algorithm in PyBioNetFit Bioinformatics 38 6 1770–1772 10.1093/bioinformatics/btac004 10060707 34986226 फिजिसेल Ghaffarizadeh Ahmadreza Heiland Randy Friedman Samuel H. Mumenthaler Shannon M. Macklin Paul 23 February 2018 PhysiCell: An open source physics-based cell simulator for 3-D multicellular systems PLOS Computational Biology 14 2 2018PLSCB..14E5991G 10.1371/journal.pcbi.1005991 5841829 29474446 free पी. आई. वी. आई. पी. आर. Ortega Oscar O. Lopez Carlos F. January 2020 Interactive Multiresolution Visualization of Cellular Network Processes iScience 23 1 2020iSci...23j0748O 10.1016/j.isci.2019.100748 6941861 31884165 runBioosimulations Shaikh Bilal Marupilla Gnaneswara Wilson Mike Blinov Michael L Moraru Ion Karr Jonathan R 2 July 2021 RunBioSimulations: an extensible web application that simulates a wide range of computational modeling frameworks, algorithms, and formats Nucleic Acids Research 49 W1 W597–W602 10.1093/nar/gkab411 8262693 34019658 एस. बी. एम. एल. सिम https://github.com/matthiaskoenig/sbmlsim SBMLSim Konig Matthias GitHub टेलुरियम (सिमुलेशन टूल) Choi Kiri Medley J. Kyle König Matthias Stocking Kaylene Smith Lucian Gu Stanley Sauro Herbert M. September 2018 Tellurium: An extensible python-based modeling environment for systems and synthetic biology Biosystems 171 74–79 2018BiSys.171...74C 10.1016/j.biosystems.2018.07.006 6108935 30053414 ऊतक फोर्ज (बहु-कोशिकीय सिम्युलेटर) Sego T. J. Sluka James P. Sauro Herbert M. Glazier James A. 23 October 2023 Tissue Forge: Interactive biological and biophysics simulation environment PLOS Computational Biology 19 10 2023PLSCB..19E0768S 10.1371/journal.pcbi.1010768 10621971 37871133 free टोपास-ऊतक García García Omar Rodrigo Ortiz Ramon Moreno-Barbosa Eduardo D-Kondo Naoki Faddegon Bruce Ramos-Méndez Jose 19 September 2024 TOPAS-Tissue: A Framework for the Simulation of the Biological Response to Ionizing Radiation at the Multi-Cellular Level International Journal of Molecular Sciences 25 18 10.3390/ijms251810061 11431975 39337547 free अनुसंधान अनुप्रयोग libroadrunner का उपयोग विभिन्न प्रकार की शोध परियोजनाओं में किया गया है। निम्नलिखित उन अध्ययनों की एक छोटी संख्या को सूचीबद्ध करता हैः टिकमैन और अन्य, कम्प्यूटेशनल अनुप्रयोग के रूप में टेलुरियम/लिब्रोड्रनर का उपयोग करके आनुवंशिक कार्यक्रमों के लिए बहु-परत सीआरआईपीआरए/आई सर्किट के विकास का वर्णन करते हैं।Tickman Benjamin I. Burbano Diego Alba Chavali Venkata P. Kiattisewee Cholpisit Fontana Jason Khakimzhan Aset Noireaux Vincent Zalatan Jesse G. Carothers James M. March 2022 Multi-layer CRISPRa/i circuits for dynamic genetic programs in cell-free and bacterial systems Cell Systems 13 3 215–229.e8 10.1016/j.cels.2021.10.008 34800362 244430298 free सालाज़ार-कावाज़ोस और अन्य ने मल्टीसाइट ईजीएफआर फॉस्फोराइलेशन की जांच करने के लिए पायबायोनेटफिट/लिब्रोड्रनर का उपयोग किया।Salazar-Cavazos Emanuel Nitta Carolina Franco Mitra Eshan D. Wilson Bridget S. Lidke Keith A. Hlavacek William S. Lidke Diane S. 19 March 2020 Multisite EGFR phosphorylation is regulated by adaptor protein abundances and dimer lifetimes Molecular Biology of the Cell 31 7 695–708 10.1091/mbc.E19-09-0548 7202077 31913761 210119415 डौइलहेट एट अल। रैंक चयन अनुकूलन के साथ आनुवंशिक एल्गोरिदम के उपयोग की जांच करने के लिए टेल्यूरियम/लिब्रोडरनर का उपयोग किया गया। श्मीस्टर एट अल। Schmiester Leonard Weindl Daniel Hasenauer Jan 7 December 2021 Efficient gradient-based parameter estimation for dynamic models using qualitative data Bioinformatics 37 23 4493–4500 10.1093/bioinformatics/btab512 8652033 34260697 गुणात्मक डेटा का उपयोग करके ढाल-आधारित पैरामीटर आकलन की जांच करने के लिए pyBioNetFit/libroadrunner का उपयोग किया। यांग और अन्य ने माउस लीवर में ट्रांसक्रिप्ट कारक सहयोग मॉडल करने के लिए कम्पूसेल3डी/लिब्रोडरनर का उपयोग किया।Yang Yongliang Filipovic David Bhattacharya Sudin April 2022 A Negative Feedback Loop and Transcription Factor Cooperation Regulate Zonal Gene Induction by 2, 3, 7, 8-Tetrachlorodibenzo-p-Dioxin in the Mouse Liver Hepatology Communications 6 4 750–764 10.1002/hep4.1848 8948569 34726355 240422386 उल्लेखनीयता librodrunner पहला SBML अनुकरण था जिसमें LLVM का उपयोग करके समय पर संकलन का उपयोग किया गया था। यह एकमात्र एसबीएमएल सिम्युलेटर है जो द्विभाजन विश्लेषण के लिए ऑटो 2000 का उपयोग करता है।https://libroadrunner.readthedocs.io/en/latest/bifurcation.html Bifurcation Analysis कई समीक्षाएँ और टिप्पणियां लिखी गई हैं जो libroadrunner पर चर्चा करती हैंः मैगियोली एट अल। Maggioli F Mancini T Tronci E 1 April 2020 SBML2Modelica: integrating biochemical models within open-standard simulation ecosystems Bioinformatics 36 7 2165–2172 2106.02609 10.1093/bioinformatics/btz860 31738386 विभिन्न एस. बी. एम. एल. सिमुलेटरों की गति की तुलना करें और निष्कर्ष निकालें कि लिब्रोड्रनर वर्तमान में शोधकर्ताओं के लिए उपलब्ध सबसे तेज़ एस. बी कोस्टर और अन्य, यादृच्छिक प्रणालियों को हल करने की तुलना में अंतर समीकरणों को हल करने के लिए लिब्रोड्रनर के गति लाभों पर चर्चा करते हैं।Köster Till Warnke Tom Uhrmacher Adelinde M. 30 April 2022 Generating Fast Specialized Simulators for Stochastic Reaction Networks via Partial Evaluation ACM Transactions on Modeling and Computer Simulation 32 2 1–25 10.1145/3485465 247273613 विकास Libroadrunner का विकास मुख्य रूप से राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थानों से अनुसंधान अनुदान के माध्यम से वित्त पोषित है https://grantome.com/grant/NIH/R01-GM123032-04 Development Support Sauro Herbert सिस्टम बायोलॉजी मॉडलिंग सॉफ्टवेयर की सूची संदर्भ सोमोगी, एंड्रे टी.; बुटेयलर, जीन-मैरी; ग्लेज़ियर, जेम्स ए.; कोनिग, मैथियास; मेडली, जे. काइल; स्वाट, मैसिएज एच.; सॉरो, हर्बर्ट एम. 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