एम. डी. एन. ए. मिक्स

en जून 2026 Molecular Dynamics of Mixtures Image:MDynaMix-MGE.png Computer display showing temperature function on left, DNA molecule in center, and various menu items to right and below. DNA simulation on MDynaMix Aatto Laaksonen, Alexander Lyubartsev Stockholm University, Department of Materials and Environmental Chemistry, Division of Physical Chemistry 1993 5.3.0 yes 2019 01 15 http://www.fos.su.se/~sasha/mdynamix/ MDynaMix Homepage fos.su.se 2021-04-15 Fortran 77-90 Unix, Unix-like, Linux, Windows x86, x86-64, Cray English Molecular dynamics GPL www.fos.su.se/~sasha/mdynamixमिश्रण की आणविक गतिकी (MDynaMix) अणुओं के मिश्रण का अनुकरण करने के लिए सामान्य प्रयोजन आणविक गतिकीयता के लिए एक कंप्यूटर सॉफ्टवेयर पैकेज है, जो आवधिक सीमा स्थितियों में AMBER-और CHARMM-जैसे बल क्षेत्र द्वारा परस्पर क्रिया करता है।A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen 2000 MDynaMix - A scalable portable parallel MD simulation package for arbitrary molecular mixtures Computer Physics Communications 128 3 565–589 2000CoPhC.128..565L 10.1016/S0010-4655(99)00529-9Applied Parallel Computing Large Scale Scientific and Industrial Problems A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen Springer Berlin 1998 978-3-540-65414-8 Lecture Notes in Computer Science 1541 Heidelberg 296–303 Parallel molecular dynamics simulations of biomolecular systems 10.1007/BFb0095310 इलेक्ट्रोस्टैटिक अंतःक्रियाओं के उपचार के लिए एन. वी. ई., एन. वी कोड को फोरट्रान 77 और 90 के मिश्रण में लिखा गया था (मैसेज पासिंग इंटरफेस के साथ) समानांतर निष्पादन के लिए। पैकेज यूनिक्स और यूनिक्स जैसे (लिनक्स वर्कस्टेशन, वर्कस्टेशन के समूहों और अनुक्रमिक मोड में विंडोज पर चलता है। एमडीनामिक्स को भौतिक रसायन विज्ञान विभाग, सामग्री और पर्यावरण रसायन विज्ञान विभाग में विकसित किया गया है, स्टॉकहोम विश्वविद्यालय, स्वीडन। इसे जीएनयू जनरल पब्लिक लाइसेंस (जीपीएल) के तहत ओपन-सोर्स सॉफ्टवेयर के रूप में जारी किया गया है। कार्यक्रम एम. डी. मुख्य एम. डीनामिक्स ब्लॉक है। मेकेमॉल एक उपयोगिता है जो आणविक संरचना और बल क्षेत्र का वर्णन करने वाली फाइलें बनाने में सहायता प्रदान करती है। ट्रैनल प्रक्षेपवक्रों का विश्लेषण करने के लिए उपयोगिताओं का एक समूह है mdee उस कार्यक्रम का एक संस्करण है जो मुक्त ऊर्जा और रासायनिक क्षमता की गणना करने के लिए विस्तारित समूह विधि को लागू करता है (समानांतर नहीं है) mge आणविक मॉडल के निर्माण और गतिशीलता प्रक्रिया की निगरानी के लिए एक चित्रमय उपयोगकर्ता इंटरफ़ेस प्रदान करता है आवेदन का क्षेत्र द्रवों के ऊष्मागतिकीय गुण T. Kuznetsova B. Kvamme 2002 Thermodynamic properties and interfacial tension of a model water–carbon dioxide system https://archive.org/details/sim_physical-chemistry-chemical-physics-pccp_2002-03-15_4_6/page/937 Phys. Chem. Chem. Phys. 4 6 937–941 2002PCCP....4..937K 10.1039/b108726f न्यूक्लिक एसिड-आयनों की अंतःक्रिया Y. Cheng, N. Korolev L. Nordenskiöld 2006 Similarities and differences in interaction of K+ and Na+ with condensed ordered DNA. A molecular dynamics computer simulation study Nucleic Acids Research 34 2 686–696 10.1093/nar/gkj434 1356527 16449204 लिपिड बिलेयर्स की मॉडलिंग C.-J. Högberg A.M.Nikitin A.P. Lyubartsev 2008 Modification of the CHARMM force field for DMPC lipid bilayer Journal of Computational Chemistry 29 14 2359–2369 10.1002/jcc.20974 18512235 8599984 पॉलीइलेक्ट्रोलाइट्सA. Vishnyakov A.V. Neimark 2008 Specifics of solvation of sulfonated polyelectrolytes in water, dimethylmethylphosphonate, and their mixture: A molecular simulation study J. Chem. Phys. 128 16 164902 2008JChPh.128p4902V 10.1063/1.2899327 18447495 948639 आयनिक तरल पदार्थG. Raabe J. Köhler 2008 Thermodynamical and structural properties of imidazolium based ionic liquids from molecular simulation J. Chem. Phys. 128 15 154509 2008JChPh.128o4509R 10.1063/1.2907332 18433237X. Wu Z. Liu S. Huang W. Wang 2005 Molecular dynamics simulation of room-temperature ionic liquid mixture of [bmim][BF4] and acetonitrile by a refined force field https://archive.org/details/sim_physical-chemistry-chemical-physics-pccp_2005-07-21_7_14/page/2771 Phys. Chem. Chem. Phys. 7 14 2771–2779 2005PCCP....7.2771W 10.1039/b504681p 16189592 तरल जल का एक्स-रे स्पेक्ट्रा R.L.C. Wang, H.J. Kreuzer M. Grunze 2006 Theoretical modeling and interpretation of X-ray absorption spectra of liquid water https://archive.org/details/sim_physical-chemistry-chemical-physics-pccp_2006-11-07_8_41/page/4744 Phys. Chem. Chem. Phys. 8 41 4744–4751 2006PCCP....8.4744W 10.1039/b607093k 17043717 बल क्षेत्र विकास A.M. Nikitin A.P. Lyubartsev 2007 A new six-site acetonitrile model for simulations of liquid acetonitril and its aqueous mixture J. Comput. Chem. 28 12 2020–2026 10.1002/jcc.20721 17450554 5333395E.S. Böesa E. Bernardia H. Stassena P.F.B. Gonçalves 2008 Solvation of monovalent anions in formamide and methanol: Parameterization of the IEF-PCM model Chemical Physics 344 1–2 101–113 2008CP....344..101B 10.1016/j.chemphys.2007.12.006 यह भी देखें Free and open-source software एबालोन (आणविक यांत्रिकी) एएमबीईआर अस्कालाफ डिज़ाइनर बॉस (आणविक यांत्रिकी) चार्म ग्रोमैक्स मैक्रोमॉडल अणु संपादक आणविक मॉडलिंग आणविक डिज़ाइन सॉफ़्टवेयर नाम्ड टिंकर (सॉफ़्टवेयर) आणविक यांत्रिकी मॉडलिंग के लिए सॉफ़्टवेयरों की तुलना संदर्भ “MDynaMix मुखपृष्ठ”. fos.su.se. 15-04-2021 को प्राप्त किया गया। ए.पी. ल्यूबार्त्सेव, ए. लाक्सोनेन (2000). “MDynaMix - मनमाने आणविक मिश्रणों के लिए एक विस्तारयोग्य, पोर्टेबल और समानांतर आणविक गतिकी सिमुलेशन पैकेज”. कंप्यूटर भौतिकी संचार. 128 (3): 565–589। ए.पी. ल्यूबार्त्सेव, ए. लाक्सोनेन (1998). “जैव-आणविक प्रणालियों के समानांतर आणविक गतिकी सिमुलेशन”. अनुप्रयुक्त समानांतर संगणना: बड़े पैमाने की वैज्ञानिक और औद्योगिक समस्याएँ. कंप्यूटर विज्ञान में व्याख्यान टिप्पणियाँ. खंड 1541. हाइडेलबर्ग: स्प्रिंगर बर्लिन. पृष्ठ 296–303। टी. कुज़नेत्सोवा और बी. क्वामे (2002). “एक आदर्श जल–कार्बन डाइऑक्साइड प्रणाली के ऊष्मागतिक गुण तथा अंतरपृष्ठ तनाव”. भौतिक रसायन रसायन भौतिकी. 4 (6): 937–941। वाई. चेंग, एन. कोरोलेव और एल. नॉर्डेन्स्कियोल्ड (2006). “संघनित सुव्यवस्थित डीएनए के साथ K+ और Na+ की पारस्परिक क्रिया में समानताएँ और भिन्नताएँ: एक आणविक गतिकी कंप्यूटर सिमुलेशन अध्ययन”. न्यूक्लिक अम्ल अनुसंधान. 34 (2): 686–696। सी.-जे. होगबर्ग, ए.एम. निकितिन और ए.पी. ल्यूबार्त्सेव (2008). “DMPC लिपिड द्विपरत के लिए CHARMM बल क्षेत्र में संशोधन”. संगणनात्मक रसायन विज्ञान पत्रिका. 29 (14): 2359–2369। ए. विश्न्याकोव और ए.वी. नेइमार्क (2008). “जल, डाइमिथाइलमेथाइलफॉस्फोनेट तथा उनके मिश्रण में सल्फोनेटेड बहुविद्युत अपघट्यों के विलायकन की विशेषताएँ: एक आणविक सिमुलेशन अध्ययन”. रासायनिक भौतिकी पत्रिका. 128 (16): 164902। जी. राबे और जे. कोहलर (2008). “आणविक सिमुलेशन द्वारा इमिडाजोलियम-आधारित आयनिक द्रवों के ऊष्मागतिक तथा संरचनात्मक गुण”. रासायनिक भौतिकी पत्रिका. 128 (15): 154509। एक्स. वू, ज़ेड. लियू, एस. हुआंग और डब्ल्यू. वांग (2005). “परिष्कृत बल क्षेत्र द्वारा [bmim][BF4] और एसीटोनाइट्राइल के कमरे के तापमान वाले आयनिक द्रव मिश्रण का आणविक गतिकी सिमुलेशन”. भौतिक रसायन रसायन भौतिकी. 7 (14): 2771–2779। आर.एल.सी. वांग, एच.जे. क्रॉइज़र और एम. ग्रुंज़े (2006). “द्रव जल के एक्स-किरण अवशोषण वर्णक्रम का सैद्धांतिक मॉडलन और व्याख्या”. भौतिक रसायन रसायन भौतिकी. 8 (41): 4744–4751। ए.एम. निकितिन और ए.पी. ल्यूबार्त्सेव (2007). “द्रव एसीटोनाइट्राइल और उसके जलीय मिश्रण के सिमुलेशन हेतु नया छह-स्थलीय एसीटोनाइट्राइल मॉडल”. संगणनात्मक रसायन विज्ञान पत्रिका. 28 (12): 2020–2026। ई.एस. बोएसा, ई. बर्नार्डिया, एच. स्टासेना और पी.एफ.बी. गोंकाल्वेस (2008). “फॉर्मामाइड और मेथनॉल में एकसंयोजी ऋणायनों का विलायकन: IEF-PCM मॉडल का प्राचलीकरण”. रासायनिक भौतिकी. 344 (1–2): 101–113। बाहरी लिंक www.fos.su.se/~sasha/mdynamix एस्कालाफ, MDynaMix (GNU GPL) के लिए ग्राफिकल खोल