क्यू (सॉफ्टवेयर)

अंग्रेजी जून 2026 Q Johan Åqvist, John Marelius, Paul Bauer, Lynn Kamerlin The Q development team at Uppsala University, SwedenUppsala Molekylmekaniska HB 1999 6.0 2017 Fortran Linux, macOS, Windows by Cygwin, any other Unix variety x86, x86-64 English Molecular dynamics simulation open source GNU General Public License version 2 (GPLv2) github.com/qusers/Q6Q एक कंप्यूटर सॉफ़्टवेयर पैकेज है जिसका उपयोग आणविक गतिकी (MD) सिमुलेशन के लिए किया जाता है (वर्तमान संस्करण: Q6)। अन्य MD कोडों के विपरीत, इसकी शुरुआत (Marelius आदि, 1998) से ही यह मुक्त ऊर्जा गणनाओं के तीन विशेष प्रकारों पर केंद्रित रहा है। ये गणनाएँ अनुभवजन्य संयोजकता बंध (EVB), मुक्त ऊर्जा पर्टर्बेशन (FEP), तथा रैखिक अंतःक्रिया ऊर्जा (LIE) विधियों पर आधारित हैं। इसके अतिरिक्त, हाल के समय में इसमें द्विभाजन क्वांटम-शास्त्रीय पथ (BQCP) पद्धति का उपयोग करते हुए पथ समाकलन गणनाएँ भी शामिल की गई हैं। जिन तरीकों में कार्यक्रम विशेषज्ञ होता है, वे प्रोटीन और न्यूक्लिक एसिड में होने वाले ऊर्जा संतुलन की मात्रात्मक गणना कर सकते हैं। यह जैव रसायन में प्रमुख समस्याओं में अंतर्दृष्टि प्रदान कर सकता है जैसे कि माइटोकॉन्ड्रियल राइबोसोम में अनुवाद तंत्र के कुछ हिस्सों पर ऊर्जावान विवरण (Lind et al. 2013) या एंजाइमेटिक प्रतिक्रियाओं में विवरण (Mones et al. यह कार्यक्रम बल-क्षेत्र अज्ञेयवादी होने में GROMACS के समान है, जिसका अर्थ है कि यह कोई बल-क्षेत्र प्रदान नहीं करता है, बल्कि CHARMM, AMBER, OPLS और GROMOS जैसे सामान्य बल-क्षेत्रों का उपयोग कर सकता है। सॉफ्टवेयर क्यूडिन नामक आणविक गतिकी के लिए एक मुख्य उपयोगिता प्रदान करता है, और विभिन्न उप-प्रोग्राम जैसे कि क्यूप्रेप (एक्स-रे निर्देशांक क्यूफेप से इनपुट फ़ाइल तैयार करने के लिए) (क्यूएफईपी और अन्य के लिए एमडी गणनाओं को संसाधित करने के लिए। चलाने के लिए सामान्य आदेश Q को चलाने के लिए सामान्य कमांड अन्य MD प्रोग्रामों के समान है और एक डायनामिक्स रन के लिए इसका वाक्यविन्यास निम्नानुसार हैः qdyn inputfile.inp > outputfile.out qdyn-यह मुख्य प्रोग्राम का नाम है जो डायनामिक्स चलाता है। inputfile.inp-यह एक टेक्स्ट फ़ाइल है जो प्रोग्राम के सभी विकल्पों को निर्दिष्ट करती है जैसे कि सिमुलेशन और समय-चरण कितने लंबे हैं, किस तापमान का अनुकरण किया जा रहा है, और कई अन्य। outputfile.out-यह आउटपुट फ़ाइल है जो ऊर्जावान परिणामों का विस्तृत विवरण देती है। आउटपुट फ़ाइल में जानकारी की वर्बोसिटी इनपुट फ़ाइल में नियंत्रित होती है। उत्पादन विलायक, समाधान और उनके बीच अंतःक्रियाओं पर विस्तार से वैन डेर वाल्स बल और इलेक्ट्रोस्टैटिक्स अंतःक्रियाओं जैसे गैर-बन्धित अंतःक्रियाओं की रिपोर्टिंग पर जोर देता है। यह भी देखें ओपीएलएस ग्रोमोस चार्म नाम्ड यासारा बल-क्षेत्र कार्यान्वयनों की तुलना मुक्त ऊर्जा पर्टर्बेशन आणविक यांत्रिकी मॉडलिंग हेतु सॉफ़्टवेयरों की तुलना आणविक डिज़ाइन सॉफ़्टवेयर ओपनएमएम संदर्भ मारेलियस जे., कोल्मॉडिन के., फेयरबर्ग I. और एक्विस्ट जे., (1998) । "क्यूः ए मॉलिक्यूलर डायनामिक्स प्रोग्राम फॉर फ्री एनर्जी कैल्क्यूलेशन एंड एम्पिरिकल वैलेंस बॉन्ड सिमुलेशन इन बायोमॉलिक्यूलर सिस्टम्स", जर्नल ऑफ मॉलिक्यूलर ग्राफिक्स एंड मॉडलिंग, 16, <आईडी1]। लिंड सी., सुंड जे. और अक्विस्ट जे., (2013) । "कॉडन-रीडिंग स्पेसिफिकेशंस ऑफ माइटोकॉन्ड्रियल रिलीज फैक्टर्स एंड ट्रांसलेशन टर्मिनेशन एट नॉन-स्टैंडर्ड स्टॉप कॉडन्स", नेचर कम्युनिकेशंस, 4,2940. मोन्स एल., टैंग डब्ल्यू., और फ्लोरियन जे., (2013) । "एंथ्रेक्स एडिमा फैक्टर द्वारा सीएएमपी रूपांतरण के लिए एटीपी के रासायनिक तंत्र के अनुभवजन्य वैलेंस बॉन्ड सिमुलेशन", जैव रसायन, 52, <आईडी1]। बाहरी लिंक xray.bmc.uu.se/~aqwww/q श्रेणी:सॉफ्टवेयर