आरएनए हस्तक्षेप

thumb|400px|right|upright=2.8|स्तनपाई कोशिकाओं में आरएनए के हस्तक्षेप की व्यवस्था और एसएच-आरएनए की डिज़ाइन की डिलिवरी। आरएनए हस्तक्षेप (RNAi) सजीव कोशिकाओं के अंदर की एक प्रणाली है जो यह नियंत्रण करने में सहायता करती है कि कौन-कौन से जीन सक्रिय हैं और कितने सक्रिय हैं। आरएनए अणुओं के दो छोटे प्रकार - माइक्रोआरएनए (miRNA) और लघु हस्तक्षेप करने वाले आरएनए (siRNA)- आरएनए हस्तक्षेप के केन्द्र में होते हैं। RNAs जीन के प्रत्यक्ष उत्पाद्य होते हैं और ये छोटे RNAs अन्य विशिष्ट RNAs से जुड़े हुए हो सकते हैं और उनकी गतिविधियों को या तो बढ़ा सकते हैं या घटा सकते हैं, उदाहरण के लिए वे एक मैसेंजर आरएनए को प्रोटीन उत्पादन करने से रोक सकते हैं। कोशिकाओं को परजीवी जीनों - वायरस एवं ट्रांसपोसोन - से बचाने में आरएनए हस्तक्षेप की महत्वपूर्ण भूमिका होती है, लेकिन साधारणत: यह विकास के निर्देशन के साथ ही जीन अभिव्यक्ति में भी अपनी भूमिका निभाता है। पशुओं के साथ कई यूक्रायोट में आरएनएआई (RNAi) मार्ग पाया जाता है और एंजाइम डिसर द्वारा प्रारंभ किया जाता है, जो लंबे दुहरे-धंसे हुए आरएनए (dsRNA) अणुओं को ~20 न्युक्लिओटाइड के छोटे टुकड़ों में विभाजित करता है। गाइड स्ट्रैंड के रूप में ज्ञात टुकड़े के दो स्ट्रैंड में से एक को तब आरएनए-प्रेरित सायलेंसिंग कॉम्प्लेक्स (RISC) में निगमित किया जाता है। अध्ययन का सबसे अच्छा परिणाम पोस्ट ट्रांस्क्रिप्शनल जीन सायलेंसिंग है, जो तब पैदा होता है जब गाइड स्ट्रैंड बेस मैसेंजर आरएनए अणु के संपूरक क्रम के साथ जुड़ता है और दरार को आर्गोनॉट, आरआइएससी कॉम्प्लेक्स का एक कैटालिटिक घटक, के द्वारा प्रेरित करता है। इसे siRNA के शुरूआती रूप में सीमित दाढ़ सांद्रता को छोड़कर दैहिक रूप से सभी जीवधारियों में फैल जाने वाली प्रक्रिया के रूप में जाना जाता है। जीन अभिव्यक्ति पर dsRNA का चयनित औप मजबूत प्रभाव इसे एक महत्वपूर्ण शोध बना देता है, कोशिका कल्चर और सजीव प्राणी होनों में ही क्योंकि कोशिका में दाखिल सिंथेटिक dsRNA रूचि के विशेष जीनों के दबाव को प्रेरित कर सकता है। RNAi भारी पैमाने के स्क्रीन के लिए भी उपयोग में लाया जा सकता है जो योजनाबद्ध तरीके से प्रत्येक जीन को कोशिका में बंद कर सकता है, जो एक विशेष कोशिकीय प्रक्रिया या कोशिका विभाजन की घटना के लिए जरूरी घटकों की पहटान में सहायता कर सकता है। इस मार्ग का उपयोग जैवप्रौद्योगिकी और औषधि के लिए एक आशाजनक उपकरण हो सकता है। ऐतिहासिक रूप से, आरएनए हस्तक्षेप को पोस्ट ट्रांस्क्रिप्शनल जीन सायलेंसिंग और क्वेलिंग की तरह ही अन्य नाम से जाता जाता था। इन स्पष्टतया असंबंधित प्रक्रियाओं को पूरी तरह से समझ लेने के बाद ही यह साफ हो पाया कि ये सभी RNAi के ही तथ्य को व्याख्यायित करते हैं। 2006 में, एंड्रयू फायर और क्रेग सी. मेलो ने फजियोलॉजी या औषधि में नोबल पुरस्कार प्राप्त किया, यह पुरस्कार निमैटोड वॉर्म सी. एलेगेन्स में आरएनए हस्तक्षेप पर उनके काम के लिए दिया गया,Advanced Information: RNA interference Daneholt Bertil The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2006 http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2006/adv.html 2007-01-25 https://web.archive.org/web/20070120113455/http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2006/adv.html 20 जनवरी 2007 live जिसे उन्होंने 1998 में प्रकाशित किया।Fire A, Xu S, Montgomery M, Kostas S, Driver S, Mello C Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans https://archive.org/details/sim_nature-uk_1998-02-19_391_6669/page/806 Nature 391 6669 806–11 1998 9486653 10.1038/35888 कोशिकीय तंत्र thumb|right|गियार्दिया इंटेसटिनलिस से खानेवाला प्रोटीन, जो dsRNA से siRNAs तक की विदलन करता है।Rnase डोमेन का रंग हरा रहता है, पैज़ (PAZ) डोमेन का रंग पीला, मंच डोमेन का रंग लाल और संबंधक हेलिक्स नीले रंग का होता है।[4] आरएनएआई (RNAi) एक आरएनए-आश्रित जीन सायलेंसिंग प्रक्रिया है जिसे आरएनए-प्रेरित सायलेंसिंग कॉम्प्लेक्स (RISC) द्वारा नियंत्रित किया जाता है और जिसे लघु दुगना-धंसे हुए आरएनए अणुओं द्वारा कोशिका के साइटोप्लाज्म में शुरू किया जाता है, जहां वे कैटलिटिक आरआईएससी घटक आर्गोनॉट के साथ अंत:क्रिया करते हैं। जब dsRNA एक्सोजेनस (आरएनए जिनॉम युक्त एक वायरस द्वारा संक्रमण या प्रयोगशाला की गड़बड़ी से आकर) होते हैं, तब आरएनए को सीधे साइटोप्लाज्म में आयातित किया जाता है और एंजाइम डिसर द्वारा छोटे टुकड़ों में विभाजित कर दिया जाता है। dsRNA की शुरुआत एंडोजेनस (कोशिका में पैदा होना) भी हो सकती है जैसे (भी किया जा सकता है अंतर्जात मूल कोशिका में), microRNA-के रूप में पूर्व जीन कोडिंग-s व्यक्त की शाही सेना से जीनोम में है। इस तरह के जीन के प्राथमिक ट्रांस्क्रिप्ट नाभिक में पूर्व-miRNA के अभिलक्षणिक स्टेम-लूप संरचना के निर्माण की पहली प्रक्रिया होते हैं, इसके बाद वे डिसर के द्वारा विभाजित किए जाने के लिए साइटोप्लाज्म में भेजे जाते हैं। इस प्रकार, दो dsRNA रास्ते, एक्सोजेनस और एंडोजेनस रिस्क (RISC) कॉम्प्लेक्स की ओर जाते हैं।Bagasra O, Prilliman KR RNA interference: the molecular immune system J. Mol. Histol. 35 6 545–53 2004 15614608 10.1007/s10735-004-2192-8 http://www.kluweronline.com/art.pdf?issn=1567-2379&volume=35&page=545 30 अगस्त 2010 https://web.archive.org/web/20200314161641/http://www.kluwer.nl/ 14 मार्च 2020 live डीएसआरएनए (dsRNA) दरार अंतर्जात (एंडोजेनस) रिबोन्युक्लीएज प्रोटीन डिसर को सक्रिय कर के RNAi की शुरुआत करते हैं,Bernstein E, Caudy A, Hammond S, Hannon G Role for a bidentate ribonuclease in the initiation step of RNA interference https://archive.org/details/sim_nature-uk_2001-01-18_409_6818/page/n127 Nature 409 6818 363–6 2001 11201747 10.1038/35053110 जो हर छोर पर कुछ बिना जोड़ी के झुके हुए 21-25 आधार जोड़े के दुगने-धंसे हुए टुकड़ों का निर्माण करने के लिए दुगने-धंसे हुए RNAs (dsRNA) को बांधते और विभाजित करते हैं।Castanotto Daniela Rossi John J. The promises and pitfalls of RNA-interference-based therapeutics https://archive.org/details/sim_nature-uk_2009-01-22_457_7228/page/426 Nature 457 7228 426–433 2009 22 जनवरी 2009 10.1038/nature07758 19158789 2702667Vermeulen A, Behlen L, Reynolds A, Wolfson A, Marshall W, Karpilow J, Khvorova A The contributions of dsRNA structure to dicer specificity and efficiency RNA 11 5 674–82 2005 15811921 10.1261/rna.7272305 1370754Zamore P, Tuschl T, Sharp P, Bartel D RNAi: double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals https://archive.org/details/cell_2000-03-31_101_1/page/25 Cell 101 1 25–33 2000 10778853 10.1016/S0092-8674(00)80620-0Siomi Haruhiko Siomi Mikiko C. On the road to reading the RNA-interference code https://archive.org/details/sim_nature-uk_2009-01-22_457_7228/page/n59 Nature 457 7228 396–404 2009 22 जनवरी 2009 10.1038/nature07754 19158785 कई जीवों के जीनोम पर बायोइनफॉरमैटिक्स अध्ययन का सुझाव है कि यह लम्बाई लक्ष्य-जीन विशिष्टता को अधिकतम सीमा तक बढ़ाती और गैर-विशिष्ट प्रभावों को न्युनतम बनाती है।Qiu S, Adema C, Lane T A computational study of off-target effects of RNA interference Nucleic Acids Res 33 6 1834–47 2005 15800213 10.1093/nar/gki324 1072799 इन छोटे दुगने-धंसे हुए टुकड़ों को लघु हस्तक्षेपक एसआईआरएनएएस (siRNAs) कहा जाता है। इसके बाद ये siRNAs एकल स्ट्रैंड में विभाजित किए जाते हैं और एक सक्रिय आरआईएससी (RISC) कॉम्प्लेक्स में एकीकृत किए जाते हैं। आरआईएससी (RISC) में एकीकरण के बाद, siRNAs आधार-जोड़े से उनके लक्ष्य mRNA और mRNA के प्रेरित दरार, के फलस्वरूप इसे रुपांतरण टेंपलेट के रूप में उपयोग किए जाने से रोकता है।Ahlquist P RNA-dependent RNA polymerases, viruses, and RNA silencing https://archive.org/details/sim_science_2002-05-17_296_5571/page/1270 Science 296 5571 1270–3 2002 12016304 10.1126/science.1069132 एक्सोजेनस dsRNA को, सी. एलेगेन्स में आरडीई-4 और ड्रोसोफिला में R2D2 के रूप में ज्ञात एक प्रभावोत्पादक प्रोटीन के द्वारा पहचाना और परिसिमित किया जाता है, जो डिसर की गतिविधि को उद्दीप्त करता है।Parker G, Eckert D, Bass B RDE-4 preferentially binds long dsRNA and its dimerization is necessary for cleavage of dsRNA to siRNA RNA 12 5 807–18 2006 16603715 10.1261/rna.2338706 1440910 यह प्रोटीन केवल लंबे dsRNAs को परिसीमित करता है, लेकिन इस लंबाई विशिष्टता का निर्माण करने वाली प्रणाली अज्ञात है। ये आरएनए-बाइंडिंग प्रोटीन तब विभाजित siRNA से RISC कॉम्प्लेक्स में स्थानांतरण को सुगम बना देते हैं।Liu Q, Rand T, Kalidas S, Du F, Kim H, Smith D, Wang X R2D2, a bridge between the initiation and effector steps of the Drosophila RNAi pathway https://archive.org/details/sim_science_2003-09-26_301_5641/page/1920 Science 301 5641 1921–5 2003 14512631 10.1126/science.1088710 सी. एलेगेंस में, यह शुरुआत प्रतिक्रिया को कोशिका के द्वारा डिसर-उत्पादित शुरुआत या टेंपलेट के रूप में 'प्राथमिक' siRNAs का उपयोग करते हुए द्वितीयक siRNAs की एक जनसंख्या के संश्लेषण के द्वारा फैलाया जाता है।Baulcombe D Molecular biology. Amplified silencing https://archive.org/details/sim_science_2007-01-12_315_5809/page/198 Science 315 5809 199–200 2007 17218517 10.1126/science.1138030 ये siRNAs संरचनात्मक रूप से डिसर-उत्पादित siRNAs से पृथक होते हैं और एक आरएनए-आश्रित आरएनए पोलिमिरेज (RdRP) द्वारा उत्पादित हुए लगते हैं।Sijen T, Steiner F, Thijssen K, Plasterk R Secondary siRNAs result from unprimed RNA synthesis and form a distinct class https://archive.org/details/sim_science_2007-01-12_315_5809/page/244 Science 315 5809 244–7 2007 17158288 10.1126/science.1136699Pak J, Fire A Distinct populations of primary and secondary effectors during RNAi in C. elegans https://archive.org/details/sim_science_2007-01-12_315_5809/page/240 Science 315 5809 241–4 2007 17124291 10.1126/science.1132839 माइक्रोआरएनए thumb|right|ब्रस्सिका ओलेरासिया से स्टेम-पाश के पूर्व-माइक्रोRNA से माध्यमिक संरचना. MicroRNA माइक्रोआरएनए (miRNAs) जिनॉमिक रूप से कोडित किए गए नॉन-कोडिंग RNAs होते हैं जो जीन अभिव्यक्ति को, विशेष रूप से विकास के दौरान, विनियमित करते हैं।Zhao Y, Srivastava D A developmental view of microRNA function https://archive.org/details/sim_trends-in-biochemical-sciences_2007-04_32_4/page/189 Trends Biochem. Sci. 32 4 189–97 2007 17350266 10.1016/j.tibs.2007.02.006Wang QL, Li ZH The functions of microRNAs in plants Front. Biosci. 12 3975–82 2007 17485351 व्यापक रूप से परिभाषित, आरएनए हस्तक्षेप की घटना में miRNAs के अंतर्जात रूप से प्रेरित जीन सायलेंसिंग प्रभाव के साथ ही बाहरी dsRNA द्वारा सक्रिय की गई सायलेंसिंग भी शामिल है। परिपक्व miRNAs संरचनात्मक रूप से एक्सोजेनस से उत्पादित siRNAs के समान होते हैं, लेकिन परिपक्व होने के पहले miRNAs को सबसे पहले व्यापक पोस्ट-ट्रांस्क्रिप्शनल संशोधन से जरूर गुजरना चाहिए। miRNA को पीआरआई-एमआईआरएनए के रूप में ज्ञात एक प्राथमिक ट्रांस्क्रिप्ट के रूप में एक बहुत लंबे आरएनए-कोडिंग जीन से अभिव्यक्त किया जाता है जिसे माइक्रोप्रोसेसर कॉम्प्लेक्स के द्वारा, कोशिका नाभिक में, एक प्री-एमआईआरएनए नामक एक 70-न्युक्लीओटाइड स्टेम-लूप संरचना तक प्रसंस्कृत किया जाता है। यह कॉम्प्लेक्स ड्रोशा नामक एक RNase III एंजाइम और एक डीएसआरएनए-बाइंडिंग प्रोटीन पाशा से बना होता है। पूर्व- miRNA का यह dsRNA भाग परिपक्व miRNA अणु पैदा करने के लिए डिसर द्वारा बाउण्ड और विभाजित किया जाता है जिसे RISC कॉम्प्लेक्स में एकीकृत किया जा सकता है; इस प्रकार, miRNA और siRNA प्रवाह की ओर अपने शुरूआती प्रोसेसिंग में उसी कोशिकीय मशीनरी को शेयर करते हैं।Gregory R, Chendrimada T, Shiekhattar R MicroRNA biogenesis: isolation and characterization of the microprocessor complex Methods Mol Biol 342 33–47 2006 16957365 10.1385/1-59745-123-1:33 लंबे dsRNA प्रीकर्सर से व्युत्पन्न siRNAs उन miRNAs से भिन्न मिर्नस है, विशेषकर उनसे जो पशुओं में होते हैं, जिनमें लक्ष्य को लिए अधूरे आधार जोड़ होते हैं और जो समान क्रमयुक्त बहुत सारे mRNAs के रूपानंतरण को रोकते हैं। इसके विपरीत, siRNAs आम तौर पर पूर्ण पूप से बेस-पेयर बनाते हैं और केवल एक एकल, निश्चित लक्ष्य में mRNA दरार को प्रेरित करते हैं। Pillai RS, Bhattacharyya SN, Filipowicz W Repression of protein synthesis by miRNAs: how many mechanisms? Trends Cell Biol 17 3 118–26 2007 17197185 10.1016/j.tcb.2006.12.007 ड्रोसोफिला और सी. एलेगन्स में, miRNA और siRNA सुनिश्चित आर्गोनॉट प्रोटीन और डिसर एंजाइम द्वारा प्रसंस्कृत किए जाते हैं।Lee Y, Nakahara K, Pham J, Kim K, He Z, Sontheimer E, Carthew R Distinct roles for Drosophila Dicer-1 and Dicer-2 in the siRNA/miRNA silencing pathways https://archive.org/details/cell_2004-04-02_117_1/page/69 Cell 117 1 69–81 2004 15066283 10.1016/S0092-8674(04)00261-2Okamura K, Ishizuka A, Siomi H, Siomi M Distinct roles for Argonaute proteins in small RNA-directed RNA cleavage pathways https://archive.org/details/sim_genes-development_2004-07-15_18_14/page/1655 Genes Dev 18 14 1655–66 2004 15231716 10.1101/gad.1210204 478188 thumb|left|300px|left|right|: आर्किया स्पीसेस प्हारोकोकस फ्युरियस से अ फूल-लेंथ आरगोंयोट प्रोटीन. द पीवी (PIWI) डोमेन ऑफ़ ऐन आरगोंयोट प्रोटीन इन कॉम्प्लेक्स विथ डबल-स्टैण्डर्ड RNA. आरआईएससी (RISC) सक्रियण और कटैलिसीस एक आरएनए-प्रेरित सायलेंसिंग कॉम्प्लेक्स के सक्रिय घटक लक्ष्य एंडोन्युक्लीएज होते हैं जिन्हें आर्गोनॉट प्रोटीन कहा जाता है जो उनके बाउण्ड siRNA से अन्योनाश्रित लक्ष्य mRNA स्ट्रैंड को विभाजित करते हैं। चूंकि डिसर द्वारा उत्पादित टुकड़े डबल-स्ट्रैंडेड होते हैं, सिद्धातत: वे सभी एक कार्यात्मक siRNA हो सकते हैं। हालांकि, दो में से केवल एक स्ट्रैंड, जिसे गाइड स्ट्रैंड के रूप में जाना जाता है, आर्गोनॉट प्रोटीन को बांधते हैं और जीन सायलेंसिंग को निर्देश देते हैं। अन्य एंटी-गाइड स्ट्रैंड या पैसेंजर स्ट्रैंड आईआरएससी सक्रियण के दौरान निम्न कर दिए जाते हैं।Gregory R, Chendrimada T, Cooch N, Shiekhattar R Human RISC couples microRNA biogenesis and posttranscriptional gene silencing https://archive.org/details/cell_2005-11-18_123_4/page/631 Cell 123 4 631–40 2005 16271387 10.1016/j.cell.2005.10.022 हालांकि पहले यह माना जाता था कि एक एटीपी निर्भर हेलिकेस ने एन दो स्ट्रैड को अलग किया, Molecular Cell Biology 5th WH Freeman: New York, NY 2004 https://archive.org/details/molecularcellbio00harv 978-0716743668 Lodish H, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP, Zipurksy SL, Darnell J registration लेकिन यह प्रक्रिया वास्तव में एटीपी-निर्भर है और आऱआईएससी के प्रोटीन घटकों द्वारा सीधे-सीधे घटित की जाती है।Leuschner P, Ameres S, Kueng S, Martinez J Cleavage of the siRNA passenger strand during RISC assembly in human cells EMBO Rep 7 3 314–20 2006 16439995 10.1038/sj.embor.7400637 1456892Matranga C, Tomari Y, Shin C, Bartel D, Zamore P Passenger-strand cleavage facilitates assembly of siRNA into Ago2-containing RNAi enzyme complexes https://archive.org/details/cell_2005-11-18_123_4/page/607 Cell 123 4 607–20 2005 16271386 10.1016/j.cell.2005.08.044 गाइड के रूप में चयनित स्ट्रैंड इस तरह का होता है जिसका 5' छोर इसके घटक से बहुत कम जुड़ा होता है,Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex https://archive.org/details/cell_2003-10-17_115_2/page/199 Schwarz DS, Hutvágner G, Du T, Xu Z, Aronin N, Zamore PD Cell 2003 115 2 199–208 14567917 10.1016/S0092-8674(03)00759-1 लेकिन स्ट्रैंड चयन उस न्र्देस के द्वारा अप्रभावी कर दिया जाता है जिसमें आऱआईएससी निगमीकरण के पहले डिसर dsRNA को विभाजित कर देता है।Preall J, He Z, Gorra J, Sontheimer E Short interfering RNA strand selection is independent of dsRNA processing polarity during RNAi in Drosophila Curr Biol 16 5 530–5 2006 16527750 10.1016/j.cub.2006.01.061 इसके बजाय, R2D2 प्रोटीन पैसेंजर स्ट्रैंड के अधिक-स्थिर 5' छोर को बांधकर अलगाववादी कारक के रूप में कार्य करता है।Tomari Y, Matranga C, Haley B, Martinez N, Zamore P A protein sensor for siRNA asymmetry https://archive.org/details/sim_science_2004-11-19_306_5700/page/1376 Science 306 5700 1377–80 2004 15550672 10.1126/science.1102755 आरएन को आर्गोनॉट प्रोटीन से बांधने के लिए संरचनात्मक आधार को एक आरएनए-बाउण्ड आर्गोनॉट प्रोटीन के बाइंडिंग डोमेन के एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी द्वारा परीक्षित किया गया। यहां, आरएनए स्ट्रैंड का फॉस्फोयुक्त 5' छोर एक संरक्षित आधारभूत सरफेस पॉकेट में प्रवेश करता है और एक डीवैलेंट कैशन (दो धनात्मक चार्ज वाला एक परमाणु) से संपर्क बनाता है जैसे कि मैगनिशियम और यह संपर्क वह siRNA के 5' नियुक्लिओटॉयड और संचित टाइरोसाइन अवशेष के बीच अरोमेटिक स्टेकिंग (एक प्रक्रिया जो एक से अधिक परमाणु को आगे और पीछे कर के एक इलेक्ट्रान शेयर करने की अनुमति देती है) द्वारा करता है। इस साइट का विचार था कि siRNA को इसके mRNA से बांधने के लिए एक न्युक्लिएशन का निर्माण किया जाए.Ma J, Yuan Y, Meister G, Pei Y, Tuschl T, Patel D Structural basis for 5'-end-specific recognition of guide RNA by the A. fulgidus Piwi protein https://archive.org/details/sim_nature-uk_2005-03-31_434_7033/page/666 Nature 434 7033 666–70 2005 15800629 10.1038/nature03514 यह समझ में नहीं आता है कि कैसे सक्रिय RISC कॉम्प्लेक्स कोशिका के भीतर पूरक mRNAs को अवस्थित करता है। हालांकि विपाटन प्रक्रिया को रूपांतरण से जोड़ने के लिए प्रस्तावित किया गया है लेकिन mRNA का रूपांतरण RNAi-मेडिएटेड क्षरण के लिए आवश्यक नहीं है।Sen G, Wehrman T, Blau H mRNA translation is not a prerequisite for small interfering RNA-mediated mRNA cleavage Differentiation 73 6 287–93 2005 16138829 10.1111/j.1432-0436.2005.00029.x दरअसल, आरएनएआई mRNA लक्ष्य के विरूद्ध बहुत प्रभावशाली हो सकती है जिनका रूपांतरण नहीं किया जाता.Gu S, Rossi J Uncoupling of RNAi from active translation in mammalian cells RNA 11 1 38–44 2005 15574516 10.1261/rna.7158605 1370689 आर्गोनॉट प्रोटीन, RISC के उत्प्रेरक घटकों को पी-बॉडी (साइटोप्लाज्मिक बॉडी या जीडब्ल्यू बॉडी भी) के नाम से ज्ञात साइटोप्लाज्म के विशेष क्षेत्रों में अवस्थित किया जाता है, जो mRNA के तीव्र क्षरण दर वाले क्षेत्र होते हैं,Sen G, Blau H Argonaute 2/RISC resides in sites of mammalian mRNA decay known as cytoplasmic bodies Nat Cell Biol 7 6 633–6 2005 15908945 10.1038/ncb1265 miRNA गतिविधि को भी क्लस्टर कर दिया जाता है।Lian S, Jakymiw A, Eystathioy T, Hamel J, Fritzler M, Chan E GW bodies, microRNAs and the cell cycle Cell Cycle 5 3 242–5 2006 16418578 पी-बॉडी का विघटन आरएनए हस्तक्षेप की क्षमता को कम कर देता है, यह सुझाव देते हुए कि ये RNAi प्रक्रिया में एक जटिल कदम वाले साइट हैं।Jakymiw A, Lian S, Eystathioy T, Li S, Satoh M, Hamel J, Fritzler M, Chan E Disruption of P bodies impairs mammalian RNA interference Nat Cell Biol 7 12 1267–74 2005 16284622 10.1038/ncb1334 thumb|350px|left|द एंजाइम डाइसर ट्रिम्स डबल स्टैण्डर्ड RNA, टू फॉर्म स्मॉल इंटरफेरिंग RNA ऑर माइक्रोRNA. दिस प्रोसेस्ड RNAs आर इन कौर्पोरेटेड इनटू द RNA-इनद्युस्ड साइलेंसिंग कॉम्प्लेक्स (RISC), विच टारगेट्स मेसेंजर्स RNA टू प्रिवेंट ट्रांसलेशन.[73] ट्रांसक्रिप्शनल सायलेंसिंग आरएनए हस्तक्षेप मार्ग घटकों का उपयोग बहुत सारे युक्रॉयट में संगठन और उनके जिनॉम संरचना की मरम्मत में किया जाता है। हिस्टोन्स का संशोधन और हेट्रोक्रोमैटिन निर्माण का संबंधित प्रेरण जीन को पूर्व-लिप्यन्तरणता से डाउनरेगुलेट करमे में सहायता करता है,Holmquist G, Ashley T Chromosome organization and chromatin modification: influence on genome function and evolution Cytogenet Genome Res 114 2 96–125 2006 16825762 10.1159/000093326 इस प्रक्रिया को आरएनए-प्रेरित ट्रास्क्रिप्शनल सायलेंसिंग (RITS) के रूप में संदर्भित किया जाता है और यह प्रक्रिया RITS नामक प्रोटीन के एक कॉम्प्लेक्स द्वारा संपन्न की जाती है। विखंडन यीस्ट के इस कॉम्प्लेक्स में आर्गोनॉट, एक क्रोमोडोमेन प्रोटीन सीएचपी1 और अज्ञात कार्य करने वाला Tas3 प्रोटीन रहते हैं।Verdel A, Jia S, Gerber S, Sugiyama T, Gygi S, Grewal S, Moazed D RNAi-mediated targeting of heterochromatin by the RITS complex https://archive.org/details/sim_science_2004-01-30_303_5658/page/n106 Science 303 5658 672–6 2004 14704433 10.1126/science.1093686 परिणाम के रूप में, हेट्रोक्रोमेटिक क्षेत्रों के प्रेरण और विस्तार के लिए आर्गोनॉट और RdRP प्रोटीन की जरूरत होती है। वास्तव में कोशिका विभाजन के समय,Volpe T, Schramke V, Hamilton G, White S, Teng G, Martienssen R, Allshire R RNA interference is required for normal centromere function in fission yeast Chromosome Res 11 2 137–46 2003 12733640 10.1023/A:1022815931524 धीमा या विलंब एनोफेज के कारण, यीस्ट विखण्डन एस.पौंबे में इन जीनों का विलोप हिस्टोन मिथाइलेशन और सेंट्रोमियर निर्माण को बाधित करता है।Volpe T, Kidner C, Hall I, Teng G, Grewal S, Martienssen R Regulation of heterochromatic silencing and histone H3 lysine-9 methylation by RNAi https://archive.org/details/sim_science_2002-09-13_297_5588/page/n77 Science 297 5588 1833–7 2002 12193640 10.1126/science.1074973 कुछ मामलों में, हिस्टोन संशोधन से जुड़ी इसी तरह की प्रक्रियाओं को, लिप्यंतरणता अपरेगुलेट जीन के लिए देखा गया है।ली एलसी, ओकिनो एसटी, जहो एच, पूकोट डी, प्लेस आरऍफ़, युराकमी एस, एन्कोइदा एच, दहिया आर. (2006). छोटे डीएसआरएनएएस (dsRNAs) मानव कोशिकाओं में ट्रांसक्रिप्शनल सक्रियण प्रेरित. प्रोक नटल एकैड विज्ञान संयुक्त राज्य अमेरिका (USA) 103(46):17337-42. PMID 17085592 वह तंत्र जिसके द्वारा RITS कॉम्प्लेक्स हेट्रोक्रोमैटिन निर्माण और संगठन को प्रेरित करता है उसे सही तरीके से नहीं समझा गया है और अधिकतर अध्ययनों ने अपना ध्यान विखण्डन यीस्ट के मेटिंग-टाइप क्षेत्र पर केन्द्रित किया है, जो अन्य जिनॉमिक क्षेत्रों या जीवधारियों की गतिविधियों का प्रतिनिधि नहीं भी हो सकता है। मौजूदा हेट्रोक्रोमौटिन क्षेत्रों के रखरखाव में, लोकल जीन के पूरक के रूप में RITS एक siRNAs युक्त कॉम्प्लेक्स का निर्माण करता है और स्थिर रूप से लोकल मिथाइलेटेड हिस्टोन्स को बांधता है और यह कार्य वह किसी नैसेंट पूर्व-एमआरएनए ट्रांस्क्रिप्ट, जो आरएनए पॉलिमिरेज द्वारा शुरू किए जाते हैं, को क्षरित करने के लिए सह-लिप्यंतरणता से कार्य करते हुए करता है। इस तरह के हेट्रोक्रोमैटिन क्षेत्र का एक गठन, हालांकि, इसका रखरखाव नहीं, डिसर-आश्रित होता है, संभवत: इस कारण कि डिसर को siRNAs के शुरूआती घटकों के निर्माण की जरूरत पड़ती है जो अनुवर्ती ट्रांस्क्रिप्ट को लक्ष्य बनाते हैं।Noma K, Sugiyama T, Cam H, Verdel A, Zofall M, Jia S, Moazed D, Grewal S RITS acts in cis to promote RNA interference-mediated transcriptional and post-transcriptional silencing Nat Genet 36 11 1174–80 2004 15475954 10.1038/ng1452 हेट्रोक्रोमैटिन रखरखाव को स्वयं-सुदृढ़ फिडबैक लूप के रूप में कार्य करने का सुझाव दिया जाता है क्योंकि नए siRNAs अनियत नवजात ट्रांस्क्रिप्ट से लोकल RdRP में निगमन के लिए RdRP द्वारा गठित किया जाता है।Sugiyama T, Cam H, Verdel A, Moazed D, Grewal S RNA-dependent RNA polymerase is an essential component of a self-enforcing loop coupling heterochromatin assembly to siRNA production https://archive.org/details/sim_proceedings-of-the-national-academy-of-sciences-usa_2005-01-04_102_1/page/152 Proc Natl Acad Sci USA 102 1 152–7 2005 15615848 10.1073/pnas.0407641102 544066 स्तनपायियों के लिए विखंडन यीस्ट मेटिंग-टाइप क्षेत्र और सेंट्रोमियर से प्राप्त अवलोकन के परिणाम स्पष्ट नहीं हैं, क्योंकि स्तनपायी कोशिकाओं में हेट्रोक्रोमैटिन रखरखाव RNAi मार्ग के घटकों से स्वतंत्र हो सकते हैं।Wang F, Koyama N, Nishida H, Haraguchi T, Reith W, Tsukamoto T The assembly and maintenance of heterochromatin initiated by transgene repeats are independent of the RNA interference pathway in mammalian cells https://archive.org/details/sim_molecular-and-cellular-biology_2006-06_26_11/page/4028 Mol Cell Biol 26 11 4028–40 2006 16705157 10.1128/MCB.02189-05 1489094 आरएनए संपादन के साथ जिरह आरएनए संपादन के प्रकार जो उच्च युक्रॉयोट में बहुत प्रचलित हैं एंजाइम एडेनोसाइन डीमिनेज (ADAR) से होकर dsRNA में एडेनोसाइन न्युक्लियोटाइड को इनोसाइन में बदलता है।Bass B RNA editing by adenosine deaminases that act on RNA Annu Rev Biochem 71 817–46 2002 12045112 10.1146/annurev.biochem.71.110601.135501 1823043 यह मूल रूप से 2000 में प्रस्तावित किया गया था कि RNAi और A→I RNA संपादन मार्ग एक साधारण dsRNA की प्रतिस्पर्धा कर सकते हैं।Bass B Double-stranded RNA as a template for gene silencing https://archive.org/details/cell_2000-04-28_101_3/page/235 Cell 101 3 235–8 2000 10847677 10.1016/S0092-8674(02)71133-1 वास्तव में, कुछ पूर्व- miRNAs A→I RNA संपादन से जरूर गुजरते हैं,Yang W, Chendrimada T, Wang Q, Higuchi M, Seeburg P, Shiekhattar R, Nishikura K Modulation of microRNA processing and expression through RNA editing by ADAR deaminases Nat Struct Mol Biol 13 1 13–21 2006 16369484 10.1038/nsmb1041Luciano D, Mirsky H, Vendetti N, Maas S RNA editing of a miRNA precursor RNA 10 8 1174–7 2004 15272117 10.1261/rna.7350304 1370607 और यह प्रणाली परिपक्व iRNAs की प्रक्रिया और अभिव्यक्ति को विनियमित कर सकती है। इसके अलावा, कम से कम एक स्तनधारी ADAR आरएनएआई मार्ग घटकों को siRNAs से पृथक कर सकता है।Yang W, Wang Q, Howell K, Lee J, Cho D, Murray J, Nishikura K ADAR1 RNA deaminase limits short interfering RNA efficacy in mammalian cells https://archive.org/details/sim_journal-of-biological-chemistry_2005-02-04_280_5/page/n845 J Biol Chem 280 5 3946–53 2005 15556947 10.1074/jbc.M407876200 इसके अलावा इस मॉडल के लिए समर्थन ADAR -नुल्ल सी. एलेगन स्ट्रेन्स के अध्ययन से मिलता है, जो यह संकेत देता है कि A→I RNA संपादन एंडोजेनस जीन और ट्रांसजीन के RNAi सायलेंसिंग को उलट सकता है।Nishikura K Editor meets silencer: crosstalk between RNA editing and RNA interference Nat Rev Mol Cell Biol 7 12 919–31 2006 17139332 10.1038/nrm2061 thumb|300px|right|पौधे और पशु जीन के साइलेंसिंग के बीच का प्रमुख मतभेद का चित्रण.डाईसर द्वारा नेटिवली एक्स्प्रेसेड माइक्रोRNA या एक्सोजेनस स्मॉल इंटरफेरिंग RNA का संसोधन और RISC कॉम्प्लेक्स का इंटीग्रेशन, विच मेडियेट्स जीन साइलेंसिंग.[104] जीवों के बीच में भिन्नता जीवों में विदेशी dsRNA ग्रहण करने और आरएनएआई मार्ग में इसके उपयोग करने की क्षमता में भिन्नता होती है। आरएनए हस्तक्षेप का प्रभाव पौधों और सी.एलेगन में प्रणालीगत और पैतृक होनों हो सकता है, हलांकि यह ड्रोसोफोलिया या स्तनपायियों में नहीं हो सकता. पौधों में, आरएनएआई कोशिकाओं के बीच siRNAs के स्थानांतरण द्वारा प्लाज्मोडेजमेटा (कोशिका दीवारों की वाहिकाएं जो संचार और परिवहन को समर्थ बनाती हैं) के माध्यम से फैलाया जाता है। हैरेटिबिलटी आरएनएआई द्वारा लक्षित प्रमोटरों के मिथाइलेशन आता है, नए मिथाइलेशन पैटर्न कोशिका की प्रत्येक नई पीढ़ी में प्रतिरूपित किया जाता है।Jones L, Ratcliff F, Baulcombe DC RNA-directed transcriptional gene silencing in plants can be inherited independently of the RNA trigger and requires Met1 for maintenance Current Biology 2001 11 10 747–757 http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6VRT-433PCG6-K&_user=10&_coverDate=05%2F15%2F2001&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=1e8ad684cc54f07e94776926599d292b 10.1016/S0960-9822(01)00226-3 11378384 30 अगस्त 2010 https://web.archive.org/web/20071221170309/http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6VRT-433PCG6-K&_user=10&_coverDate=05%2F15%2F2001&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=1e8ad684cc54f07e94776926599d292b 21 दिसंबर 2007 live पौधों और जानवरों के बीच एक व्यापक सामान्य भेद अंतर्जातिक रूप से उत्पादित miRNAs के लक्ष्यीकरण में निहित होता है; पौधों में, miRNAs आमतौर पर पूरी तरह से या लगभग पूरी तरह से उनके लक्ष्य जीन के पूरक होते हैं और आईआईएससी द्वारा विभाजित प्रत्यक्ष एमआरएनए को प्रेरित करते हैं, जबकि पशुओं के miRNAs क्रम में अधिक भिन्न रूख वाले होते हैं और रूपांतरणीय दमन को प्रेरित करते हैं। इस रूपांतरणीय प्रभाव को मैसेंजर आरएनए के पॉलिएडेमाइन टेल युक्त रूपांतरण प्रवर्तन कारक की अंत:क्रिया को रोक कर उत्पादित किया जा सकता है। Humphreys DT, Westman BJ, Martin DI, Preiss T 2005 MicroRNAs control translation initiation by inhibiting eukaryotic initiation factor 4E/cap and poly(A) tail function. https://archive.org/details/sim_proceedings-of-the-national-academy-of-sciences-usa_2005-11-22_102_47/page/16961 Proc Natl Acad Sci USA 102 16961–16966 16287976 10.1073/pnas.0506482102 47 1287990 कुछ यूकैरिओटिक प्रोटोजोआ जैसे कि लेशमेनिया मेजर और ट्राइपेनोसोमा क्रुजी में आरएनएआई मार्ग का पूरी तरह से अभाव होता है। Robinson K, Beverley S Improvements in transfection efficiency and tests of RNA interference (RNAi) approaches in the protozoan parasite Leishmania https://archive.org/details/molecular-and-biochemical-parasitology_2003-05_128_2/page/217 Mol Biochem Parasitol 128 2 217–28 2003 12742588 10.1016/S0166-6851(03)00079-3 DaRocha W, Otsu K, Teixeira S, Donelson J Tests of cytoplasmic RNA interference (RNAi) and construction of a tetracycline-inducible T7 promoter system in Trypanosoma cruzi https://archive.org/details/molecular-and-biochemical-parasitology_2004-02_133_2/page/175 Mol Biochem Parasitol 133 2 175–86 2004 14698430 10.1016/j.molbiopara.2003.10.005 अधिकांश या सभी घटक कवक, बहुत विख्यात मॉडल जीव सैक्रोमाइसेज सेरेविजिआ, में नदारद रहते हैं।L. Aravind, Hidemi Watanabe, David J. Lipman, and Eugene V. Koonin Lineage-specific loss and divergence of functionally linked genes in eukaryotes https://archive.org/details/sim_proceedings-of-the-national-academy-of-sciences-usa_2000-10-10_97_21/page/11319 Proceedings of the National Academy of Sciences 97 21 11319–11324 2000 10.1073/pnas.200346997 11016957 17198 हाल के अध्ययन तथापि, अन्य बडिंग यीस्ट प्रजातियों, जैसे कि सैक्रोमाइसेज कास्टेल्ली और कैंडिडा एल्बिकन्स, में आरएनएआई की उपस्थिति को प्रकट करते हैं, तत्पश्चात यह दर्शाते हैं कि एस.कास्टेल्ली के दो आरएनआई-युक्त प्रोटीन का प्रेरण एस.सेरेविजिआ में आरएनएआई को सुगम बनाता है।Drinnenberg IA, Weinberg DE, Xie KT, Nower JP, Wolfe KH, Fink GR, Bartel DP RNAi in Budding Yeast https://archive.org/details/sim_science_2009-10-23_326_5952/page/544 Science 2009 19745116 10.1126/science.1176945 326 5952 544–50 चूंकि कुछ एस्कोमाइसेट्स और बैसिडियोमाइसेट्स में आरएनए मार्ग की अनुपस्थिति यह संकेत करता है कि आरएनए सायलेसिंग के लिए जरूरी प्रोटीन, संभवत: समान कार्य वाले एक नए मार्ग के विकास के कारण, या कुछ स्थानों में चयनित लाभ के अभाव के कारण, बहुत सारे फंगल लिनिएज से स्वतंत्रतापूर्वक खो दिए गए हैं।Nakayashiki H, Kadotani N, Mayama S Evolution and diversification of RNA silencing proteins in fungi https://archive.org/details/sim_journal-of-molecular-evolution_2006-07_63_1/page/127 J Mol Evol 63 1 127–35 2006 16786437 10.1007/s00239-005-0257-2 संबंधित प्रोकार्योटिक प्रणालियां प्रोकार्योट्स में जीन एक्सप्रेशन कुछ हद तक आरएनआई के सामान एक आरएनए-आधारित प्रणाली द्वारा प्रभावित होता है। यहां, आरएनए-इनकोडिंग जीन एमआरएनए बहुलता या रूपांतरण को एक पूरक आरएनए के उत्पादन द्नारा नियंत्रित करता है जो एक बेस-पेयरिंग द्वारा एमआरएनए से बंधा होता है। हालांकि इन विनियामक आरएनए को साधारणत: miRNAs के अनुरूपता के रूप में जाना जाता है क्योंकि इसमें ज्सर एंजाइम शामिल नहीं होते.Morita T, Mochizuki Y, Aiba H Translational repression is sufficient for gene silencing by bacterial small noncoding RNAs in the absence of mRNA destruction https://archive.org/details/sim_proceedings-of-the-national-academy-of-sciences-usa_2006-03-28_103_13/page/4858 Proc Natl Acad Sci USA 103 13 4858–63 2006 16549791 10.1073/pnas.0509638103 1458760 यह सुझाव दिया गया है कि प्रोकार्योट्स में सीआरआईएसपीआर हस्तक्षेप प्रणाली युकार्योटिक आरएनए हस्तक्षेप के अनुरूप होती है, हलांकि प्रोटीन के घटकों में से कोई भी आर्थोलोगस नहीं होता। Makarova K, Grishin N, Shabalina S, Wolf Y, Koonin E A putative RNA-interference-based immune system in prokaryotes: computational analysis of the predicted enzymatic machinery, functional analogies with eukaryotic RNAi, and hypothetical mechanisms of action Biol Direct 1 7 2006 16545108 10.1186/1745-6150-1-7 1462988 जैविक प्रकार्य प्रतिरक्षा आरएनए हस्तक्षेप वायरस और अन्य विदेशी जेनेटिक पदार्थों के लिए इम्युन प्रतिक्रिया का एक महत्वपूर्ण भाग हो सकता है, विशेषकर उन पौधों में जहां यह ट्रांसपोसोन के द्वारा स्व-विस्तार को रोक सकता है।Stram Y, Kuzntzova L Inhibition of viruses by RNA interference Virus Genes 32 3 299–306 2006 16732482 10.1007/s11262-005-6914-0 एराबिडोप्सिस थालिआना जैसे पौधे बहु होमोलॉग डिसर को अभिव्यक्त करते हैं जिन्हें भिन्न तरीके से प्रतिक्रिया करने के लिए विशेषीकृत किया जाता है जब पौधों को विभिन्न प्रकार के वायरस के लिए अनावृत किया जाता है।Blevins T, Rajeswaran R, Shivaprasad P, Beknazariants D, Si-Ammour A, Park H, Vazquez F, Robertson D, Meins F, Hohn T, Pooggin M Four plant Dicers mediate viral small RNA biogenesis and DNA virus induced silencing Nucleic Acids Res 34 21 6233–46 2006 17090584 10.1093/nar/gkl886 1669714 आरएनएआई मार्ग को पूरी तरह समझने के पहले भी यह ज्ञात था कि पौधों में प्रेरित जीन सायलेंसिंग पूरे पौधे में एक प्रणालीगत प्रभाव के साथ फैल सकती है और ग्राफ्टिंग की मार्फत स्टॉक से सियोन पौधों में स्थानांतरित की जा सकती है।Palauqui J, Elmayan T, Pollien J, Vaucheret H Systemic acquired silencing: transgene-specific post-transcriptional silencing is transmitted by grafting from silenced stocks to non-silenced scions https://archive.org/details/sim_embo-journal_1997-08-01_16_15/page/4738 EMBO J 16 15 4738–45 1997 9303318 10.1093/emboj/16.15.4738 1170100 इस फिनोमेना को तब से प्लांट एडाप्टिव इम्युन सिस्टम की विशेषता रूप में पहचाना जाता रहा है और यह फिनोमेना सारे पौधों को एक प्रारंभिक स्थानीकृत मुटभेड़ के बाद वायरस से प्रतिक्रिया करने की अनुमति देती है।Voinnet O RNA silencing as a plant immune system against viruses https://archive.org/details/sim_trends-in-genetics_2001-08_17_8/page/449 Trends Genet 17 8 449–59 2001 11485817 10.1016/S0168-9525(01)02367-8 प्रतिक्रिया में, कई पादप वायरस ने विस्तृत मेकनिज्म विकसित कर ली है जो पादप कोशिकाओं में आरएनएआई प्रतिक्रिया को दमित करती है।Lucy A, Guo H, Li W, Ding S Suppression of post-transcriptional gene silencing by a plant viral protein localized in the nucleus https://archive.org/details/sim_embo-journal_2000-04-03_19_7/page/1672 EMBO J 19 7 1672–80 2000 10747034 10.1093/emboj/19.7.1672 310235 इनमें वायरल प्रोटीन भी शामिल हैं जो एकल-स्ट्रेंडेड छज्जा छोर युक्त डबल-स्ट्रेंडेड आरएनए चुकड़ों को बांधता है, वैसे ही जैसे डिसर की क्रिया द्वारा उत्पादित वस्तुओं के साथ.Mérai Z, Kerényi Z, Kertész S, Magna M, Lakatos L, Silhavy D Double-stranded RNA binding may be a general plant RNA viral strategy to suppress RNA silencing https://archive.org/details/sim_journal-of-virology_2006-06_80_12/page/5747 J Virol 80 12 5747–56 2006 16731914 10.1128/JVI.01963-05 1472586 कुछ पादप जिनॉम्स भी बैक्टेरिया के विशेष प्रकारों द्वारा संक्रमण की प्रतिक्रिया में एंडोजेनस siRNAs को अभिव्यक्त करते हैं।Katiyar-Agarwal S, Morgan R, Dahlbeck D, Borsani O, Villegas A, Zhu J, Staskawicz B, Jin H A pathogen-inducible endogenous siRNA in plant immunity Proc Natl Acad Sci USA 103 47 18002–7 2006 17071740 10.1073/pnas.0608258103 1693862 ये प्रभाव पैथोजेन के प्रति सामान्यीकृत प्रतिक्रिया के भाग हो सकते हैं जो संक्रमण प्रक्रिया की सहायता करने वाले मेज़बान की किसी भी मेटाबोलिक प्रक्रिया को डाउनरेगुलेट करते हैं।Fritz J, Girardin S, Philpott D Innate immune defense through RNA interference Sci STKE 2006 339 pe27 2006 16772641 10.1126/stke.3392006pe27 हालांकि आम तौर पर पौधों की अपेक्षा जानवर डिसर एंजाइम के कुच कम वेरिएंट को प्रकट करते हैं, कुछ जानवरों में आरएनएआई को एक एंटिवायरल प्रतिक्रिया पैदा करने वाले के रूप में दिखाया गया है। जुवेनिले और व्यस्क ड्रोसोफिला दोनों ही में, आरएनए हस्तक्षेप एंटिवायरल अंतर्जात प्रतिरक्षा में महत्वपूर्ण होता है और ड्रोसोफिला एक्स वायरस जैसे फोटोजेन के खिलाफ सक्रिय रहता है।Wang X, Aliyari R, Li W, Li H, Kim K, Carthew R, Atkinson P, Ding S RNA interference directs innate immunity against viruses in adult Drosophila https://archive.org/details/sim_science_2006-04-21_312_5772/page/n143 Science 312 5772 452–4 2006 16556799 10.1126/science.1125694 1509097Zambon R, Vakharia V, Wu L RNAi is an antiviral immune response against a dsRNA virus in Drosophila melanogaster Cell Microbiol 8 5 880–9 2006 16611236 10.1111/j.1462-5822.2006.00688.x प्रतिरक्षा की इसी तरह की भूमिका सी.एलेगन्स में भी संचालित की जा सकती है, क्योकि आर्गोनॉट प्रोटीन वायरस और कीड़ों की प्रतिक्रिया में अपरेगुलेट किए जाते हैं जो आरएनएआई मार्ग के घटकों को ओवरएक्सप्रेस करते हैं और ये वायरल संक्रमण के प्रतिरोधी होते हैं।Wilkins C, Dishongh R, Moore S, Whitt M, Chow M, Machaca K RNA interference is an antiviral defence mechanism in Caenorhabditis elegans https://archive.org/details/sim_nature-uk_2005-08-18_436_7053/page/n178 Nature 436 7053 1044–7 2005 16107852 10.1038/nature03957Lu R, Maduro M, Li F, Li H, Broitman-Maduro G, Li W, Ding S Animal virus replication and RNAi-mediated antiviral silencing in Caenorhabditis elegans https://archive.org/details/sim_nature-uk_2005-08-18_436_7053/page/1040 Nature 436 7053 1040–3 2005 16107851 10.1038/nature03870 1388260 स्तनधारी अंतर्जात प्रतिरक्षा में आरएनए हस्तक्षेप की भूमिका को बहुत कम समझा गया है और अपेक्षाकृत बहुत कम आकड़ा उपलब्ध है। बहरहाल, वायरस की मौजूदगी, जो स्तनधारी की कोशिकाओं की आरएनएआई प्रतिक्रिया को दबाने में सक्षम जीन को इनकोड करती है, एक आरएनएआई-आश्रित स्तधारी इम्युन प्रतिक्रिया के पक्ष में साक्ष्य हो सकती है।Schütz S, Sarnow P Interaction of viruses with the mammalian RNA interference pathway Virology 344 1 151–7 2006 16364746 10.1016/j.virol.2005.09.034Berkhout B, Haasnoot J The interplay between virus infection and the cellular RNA interference machinery FEBS Lett 580 12 2896–902 2006 16563388 10.1016/j.febslet.2006.02.070 हालांकि, स्तनधारियों में आरएनएआई-मध्यस्थता प्रतिरक्षा की इस परिकल्पना को खराब प्रमाण के रूप में चुनौती दी गई है।Cullen B Is RNA interference involved in intrinsic antiviral immunity in mammals? Nat Immunol 7 6 563–7 2006 16715068 10.1038/ni1352 स्तनधारी वायरस में आरएनएआई के लिए वैकल्पिक कार्य भी मौजूद रहते हैं, जैसे कि हर्पीज वायरस द्वारा अभिव्यक्त miRNA, जो वायरल विलंबता की मध्यस्थता के लिए हेट्रोक्रोमैटिन संगठन ट्रिगर के रूप में कार्य कर सकते हैं।Li H, Ding S Antiviral silencing in animals FEBS Lett 579 26 5965–73 2005 16154568 10.1016/j.febslet.2005.08.034 1350842 जीन के डाउनरेगुलेशन इंट्रोनिक और इंटरजेनिक miRNAs दोनों को शामिल करते हुए सहज रूप से अभिव्यक्त miRNAs, रूपांतरणता दबाव में बहुत महत्वपूर्ण होते हैं, और विकास के विनियमन में, विशेषकर स्टेम कोशिकाओं जैसी एक सी या पूरी तरह से भिन्न कोशिका प्रकारों के रखरखाव और मार्फोजेनेसिस में भी ये महत्वपूर्ण होते हैं।Carrington J, Ambros V Role of microRNAs in plant and animal development https://archive.org/details/sim_science_2003-07-18_301_5631/page/n76 Science 301 5631 336–8 2003 12869753 10.1126/science.1085242 जीन अभिव्यक्ति को डाउनरेगुलेट करने में सहज रूप से अभिव्यक्त miRNA की भूमिका को पहली बार सी. एलेगन्स में 1993 में व्याख्यायित किया गया।Lee R, Feinbaum R, Ambros V The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14 Cell 75 5 843–54 1993 8252621 10.1016/0092-8674(93)90529-Y पौधों में इस कार्य को तब खोजा गया जब एराबिडोप्सिस के "JAW माइक्रो RNA" को पौधे के आकार को नियंत्रित करने वाले विभिन्न जीनों के विनियमन में शामिल होने के रूप में दर्शाया गया।Palatnik J, Allen E, Wu X, Schommer C, Schwab R, Carrington J, Weigel D Control of leaf morphogenesis by microRNAs https://archive.org/details/sim_nature-uk_2003-09-18_425_6955/page/256 Nature 425 6955 257–63 2003 12931144 10.1038/nature01958 पौधों में, miRNAs द्वारा विनियमित जीनों की बहुलता ट्रांस्क्रिप्शन कारक होते हैं,Zhang B, Pan X, Cobb G, Anderson T Plant microRNA: a small regulatory molecule with big impact Dev Biol 289 1 3–16 2006 16325172 10.1016/j.ydbio.2005.10.036 इस प्रकार miRNA गतिविधि विशेष रूप से व्यापक पहुंच वाली होती है और विकास के दौरान पूरे जीन नेटवर्क को, एफ-बॉक्स प्रोटीन के साथ ही ट्रांस्क्रिप्शन कारकों को शामिल करते हुए कुंजी निनियामक जीन की अभिव्यक्ति को ठीक कर के करती है।Jones-Rhoades M, Bartel D, Bartel B MicroRNAS and their regulatory roles in plants https://archive.org/details/sim_annual-review-of-plant-biology_2006_57/page/19 Annu Rev Plant Biol 57 19–53 2006 16669754 10.1146/annurev.arplant.57.032905.105218 मनुष्य के साथ ही बहुत सारे जीवों में, miRNAs को भी ट्यूमर के निर्माण और कोशिका चक्र के अविनियमन के साथ जोड़ा गया है। यहाँ, miRNAs ऑनकॉग्जीनेस और टूयूमर शमक दोनों के रूप में कार्य करता है। जीनों का अपरेगुलेशन आरएनए अनुक्रम (siRNA और miRNA) जो प्रमोटर के भागों के पूरक होते हैं, जीन ट्रांस्क्रिप्शन, एक मिनोमेना द्वारा डब किए गए आरएनए सक्रियण को बढ़ा सकता है। ये आरएनए जीनों को कैसे अपरेगुलेट करते हैं, उस प्रणाली का एक भाग ज्ञात है: डिसर और आर्गोनॉट शामिल रहते हैं और हिस्टोन डीमिथाइलेशन होता है। विकास पार्समोनी-आधारित फिलोजेनेटिक विश्लेषण पर आधारित, सभी यूकार्योट्स के सबसे हाल के आम पूर्वज बहुत संभवत: पहले ही शुरूआती आरएनए हस्तक्षेप को भूतग्रस्त करते थे, कुछ युकार्योट्स में मार्ग की अनुपस्थिति को व्युत्पन्न विशेषता माना जाता था।Cerutti H, Casas-Mollano J On the origin and functions of RNA-mediated silencing: from protists to man https://archive.org/details/sim_current-genetics_2006-08_50_2/page/81 Curr Genet 50 2 81–99 2006 16691418 10.1007/s00294-006-0078-x 2583075 यह पैतृक आरएनएआई सिस्टम में शायद कम से कम एक डिसर जैसा प्रोटीन, एक आर्गोनॉट, एक पीआईडब्ल्यूआई प्रोटीन और एक आरनए-आश्रित आरएनए पॉलिमिरेज निहित होते हैं जो अन्य कोशिकीय भूमिका भी निभा चुके होते हैं। इसी तरह एक बड़े पैमाने पर तुलनात्मक जीनोमिक्स अध्ययन इंगित करता है कि युकार्योट ताज समूह पहले से इन धटकों को अपने वश में रखते हैं, जो एक्सोसोम जैसे सामान्यीकृत आरएनए गिरावट के साथ करीब संबंध रख चुके हो सकते हैं।Anantharaman V, Koonin E, Aravind L Comparative genomics and evolution of proteins involved in RNA metabolism Nucleic Acids Res 30 7 1427–64 2002 11917006 10.1093/nar/30.7.1427 101826 इस अध्ययन से यह भी पता चलता है कि आरएनए- बाइंडिंग आर्गोनॉट प्रोटीन परिवार, जिसे युकार्योट्स, सबसे अधिक आर्काइआ और कम से कम कुछ बैक्टेरिया (जैसे कि एक्विफेक्स एओलिकस) के बीच साझा किया जाता है, वे होमोलोगस होते हैं और मूल रूप से ट्रांस्लेशन इनिसिएशन सिस्टम से विकसित किए जाते हैं। आरएनएआई प्रणाली के पैतृक कार्य में आम तौर पर ट्रांसपोसोन्स और वायरल जिनॉम जैसे एक्सोजेनस जेनेटिक तत्वों के खिलाफ इम्युन रक्षा के होने पर सहमति है।Buchon N, Vaury C RNAi: a defensive RNA-silencing against viruses and transposable elements https://archive.org/details/sim_heredity_2006-02_96_2/page/195 Heredity 96 2 195–202 2006 16369574 10.1038/sj.hdy.6800789 हिस्टोन संशोधन जैसे संबंधित कार्य आधुनिक युकार्योट के पूर्वजोम में पहले से ही मौजूद रहे हो सकते हैं, हालांकि miRNA द्वारा विनियमन के विकास जैसे अन्य कार्य बाद में विकसित हुए माने जाते हैं। कई युकार्योट्स में एंटिवायरल अंतर्जात इम्युन के घटकों के रूप में, आरएनए हस्तक्षेप जीन वायरल जीनों के साथ एक निकासमूलक हथियारों की होड़ में शामिल रहते हैं। कुछ वायरस अपनी मेज़बान कोशिकाओं की आरएनएआई प्रतिक्रिया, एक प्रभाव जिसे व्शेष तौर पर पादप वायरसों के लिए उल्लिखित किया जाता रहा है, को दबाने के लिए प्रणालियां विकसित कर चुके हैं। ड्रोसोफिला में विकास दर के अध्ययन ने यह बताया है कि आरएनएआई मार्ग में जीन मजबूत दिशात्मक चयन होते हैं और ड्रोसोफिला जिनॉम में सबसे तेज विकसित होने वाले जीनों में होते हैं।Obbard D, Jiggins F, Halligan D, Little T Natural selection drives extremely rapid evolution in antiviral RNAi genes Curr Biol 16 6 580–5 2006 16546082 10.1016/j.cub.2006.01.065 तकनीकी अनुप्रयोग जीन नॉकडाउन आरएनए हस्तक्षेप मार्ग को प्रयोगात्मक जीविज्ञान में प्राय: कोशिका कल्चर और मॉडल जीवों के इन वीवो में जीन के कार्यों के अध्ययन के लिए प्रयोग में लाया जाता है। डबल-स्ट्रेंडेड आरएनए को रूचि के जीन के पूरक क्रम के साथ संश्लेषित किया जाता है और एक कोशिका या जीव में प्रवेश कराया जाता है, जहां यह एक्सोजेनस जेनेटिक मेटेरियल के रूप में पहचाना जाता है और आरएनएआई मार्ग को सक्रिय करता है। इस यंत्रावली का उपयोग करते हुए, शोधकर्ता एक लक्षित जीन की अभिव्यक्ति में भारी कमी पैदा कर सकते हैं। इस कमी के प्रभाव का अध्ययन जीन उत्पाद के शरीरवैज्ञानिक भूमिका को दर्शा सकता है। चूंकि आरएनएआई जीन की अभिव्यक्ति को पूरी तरह से समाप्त नहीं कर सकती, इसलिए इस तकनीक को कभी-कभी "नॉकडाउन" के रूप में संदर्भित किया जाता है, यह "नॉकआउट" प्रक्रिया से इसे अलग करने के लिए किया जाता है जिसमें जीन की अभिव्यक्ति पूरी तरह समाप्त कर दी जाती है।Voorhoeve PM, Agami R Knockdown stands up Trends Biotechnol. 21 1 2–4 2003 12480342 http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0167779902000021 10.1016/S0167-7799(02)00002-1 30 अगस्त 2010 https://web.archive.org/web/20191203111816/https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0167779902000021 3 दिसंबर 2019 live कम्प्यूटेशनल जीव विज्ञान के व्यापक प्रयासों को सफल dsRNA अभिकर्मकों के डिजाईन की ओर निर्देशित किया जाता है जो जीन नॉकडाउन को अधिकतम और "ऑफ-टारगेट" प्रभावों को न्युनतम करता है। ऑफ-टारगेट प्रभाव तब पैदा होता है जब एक चिन्हित आरएनए में आधार अनुक्रम होता है जो एक ही समय कई जीनों की अभिव्यक्ति के साथ जुड़ता है और इस प्रकार इसे कम करता है। इस तरह की समस्याएं बार-बार होती हैं, जब dsRNA में दोहरावदार क्रम शामिल रहते हैं। एच. सेपिअन्स, सी. एलेगन्स और एस. पॉम्बे के जिनॉम्स के अध्ययन से यह अनुमान लगाया गया है कि लगभग 10% संभव siRNAs के पास पर्याप्त ऑफ-टारगेट प्रभाव होगा। सॉफ्टवेयर उपकरणों के एक जमावड़े का विकास साधारण,Henschel A, Buchholz F, Habermann B DEQOR: a web-based tool for the design and quality control of siRNAs Nucleic Acids Res 32 Web Server issue W113–20 2004 15215362 10.1093/nar/gkh408 441546Naito Y, Yamada T, Matsumiya T, Ui-Tei K, Saigo K, Morishita S dsCheck: highly sensitive off-target search software for double-stranded RNA-mediated RNA interference Nucleic Acids Res 33 Web Server issue W589–91 2005 15980542 10.1093/nar/gki419 1160180 स्तनपायी-जाति भेदक और वायरस-जाति-भेदकNaito Y, Ui-Tei K, Nishikawa T, Takebe Y, Saigo K siVirus: web-based antiviral siRNA design software for highly divergent viral sequences Nucleic Acids Res 34 Web Server issue W448–50 2006 16845046 10.1093/nar/gkl214 1538817 siRNAs के डिजाईन के लिए एल्गोरिथ्म का कार्यान्वयन करते हुए किया गया है, संभव क्रॉस-रिएक्टिविटि के लिए जिनकी जांच की जाती है। जीव और प्रायोगिक प्रणाली के आधार पर, एक्सोजेनस को डिसर द्वारा अलग करने के लिए लंबा स्टैंड डिजाईन किया जा सकता है, या छोटे RNAs को siRNA अध:स्तर के रूप में सुरक्षित करने के लिए डिजाईन किया जा सकता है। अधिकतर स्तनपायी कोशिकाओं में, छोटे RNAs उपयोग में लाये जाते हैं क्योंकि डबल-स्ट्रेंडेड आरएनए, अणु स्तनपायी इंटरफेरॉन प्रतिक्रिया; सहज प्रतिरक्षा का एक रूप जो विदेशी जेनेटिक पदार्थों के साथ अमहत्वपूर्ण ढंग से प्रतिक्रिया करता है, को प्ररित करते हैं।Reynolds A, Anderson E, Vermeulen A, Fedorov Y, Robinson K, Leake D, Karpilow J, Marshall W, Khvorova A Induction of the interferon response by siRNA is cell type- and duplex length-dependent RNA 12 6 988–93 2006 16611941 10.1261/rna.2340906 1464853 माउस ऊसाइट्स और प्रारंभिक चूहा भ्रूणों की कोशिकाओं में एक्सोजेनस dsRNA के लिए इस प्रतिक्रिया का अभाव होता है, इसलिए वे स्तनपायियों में जीन-नॉकडाउन प्रभाव के अध्ययन के लिए एक आम मॉडल प्रणाली होते हैं।Stein P, Zeng F, Pan H, Schultz R Absence of non-specific effects of RNA interference triggered by long double-stranded RNA in mouse oocytes Dev Biol 286 2 464–71 2005 16154556 10.1016/j.ydbio.2005.08.015 siRNA के सीधे परिचय की उपेक्षा करते हुए स्तनपायी प्रणालियों में RNAi की उपयोगिता के सुधार के लिए विशिष्ट प्रयोगशाला तकनीकों का भी विकास किया गया है, उदाहरण के लिए, एक उचित अनुक्रम जिससे siRNA को लिप्यंतरित किया जा सकता है,Brummelkamp T, Bernards R, Agami R A system for stable expression of short interfering RNAs in mammalian cells https://archive.org/details/sim_science_2002-04-19_296_5567/page/n137 Science 296 5567 550–3 2002 11910072 10.1126/science.1068999 के प्लाज्मिड इनकोडिंग युक्त स्थिर ट्रांस्फेक्शन द्वारा, या प्रेरणायोग्य सक्रियता या कंडिशनल RNAi के रूप में ज्ञात ट्रांस्क्रिप्शन की निष्क्रियता को अनुमति देते हुए अधिक व्यापक लेंटिवायरल वेक्टर प्रणालियों द्वारा.Ventura A, Meissner A, Dillon C, McManus M, Sharp P, Van Parijs L, Jaenisch R, Jacks T Cre-lox-regulated conditional RNA interference from transgenes Proc Natl Acad Sci USA 101 28 10380–5 2004 15240889 10.1073/pnas.0403954101 478580Tiscornia G, Tergaonkar V, Galimi F, Verma I CRE recombinase-inducible RNA interference mediated by lentiviral vectors https://archive.org/details/sim_proceedings-of-the-national-academy-of-sciences-usa_2004-05-11_101_19/page/7347 Proc Natl Acad Sci USA 101 19 7347–51 2004 15123829 10.1073/pnas.0402107101 409921 कार्यात्मक जीनोमिक्स thumb|left|250px|एक सामान्य वयस्क ड्रोसोफिला मक्खी, एक आम मॉडल आरएनएआई (RNAi) प्रयोगों में इस्तेमाल जीव. thumb|left|250px|एक वयस्क सी. एलेगंस कीड़ा, एक परमाणु डेस्टौरेस रेगुलेशन हार्मोन विनियमन में शामिल रिसेप्टर आरएनएआई के दमन के तहत. ये कीड़े असामान्य फैटी एसिड चयापचय है, लेकिन व्यावहारिक और उपजाऊ हैं।[207] पशुऔं में RNAi के अधिकतर कार्यात्मक जिनॉमिक्स अनुप्रयोग सी.एलेगन्सKamath R, Ahringer J Genome-wide RNAi screening in Caenorhabditis elegans Methods 30 4 313–21 2003 12828945 10.1016/S1046-2023(03)00050-1 और ड्रोसोफिलाBoutros M, Kiger A, Armknecht S, Kerr K, Hild M, Koch B, Haas S, Paro R, Perrimon N Genome-wide RNAi analysis of growth and viability in Drosophila cells Science 303 5659 832–5 2004 14764878 10.1126/science.1091266 का उपयोग कर चुके हैं, क्योंकि ये आम मॉडल जीव हैं जिनमें RNAi सबसे अधिक प्रभावी होता है। सी. एलेगन्स विशेष रूप से RNAi अनुसंधान के लिए दो कारणों से उपयोगी होता है: सबसे पहले जीन सायलेंसिंग के प्रभाव आम तौर पर पैतृक होते हैं और दूसरे क्योंकि dsRNA की प्रसव अत्यंत सरल होता है। एक बहुत कम समझे गए प्रणाली के माध्यम से, बैक्टीरिया, जैसे ई. कोलाई, जो कि वांछित dsRNA को वहन करती है, उसे कीड़ों को खिलाया जा सकता है और वह आंत्र पथ के माध्यम से अपने आरएनए पेलोड को कीड़ों में स्थानांतरित कर सकेगी. यह "खिलाने के द्वारा प्रसव" जीन सायलेंसिंग उत्प्रेरण पर जितना प्रभावी है उससे अधिक खर्चीला और समय की खपत वाला सुपुर्दगी विधि है, जैसे कि dsRNA के घोल में कीड़ों को डुबाना और जनन ग्रन्थि में dsRNA का इंजेक्शन लगाना.Fortunato A, Fraser A Uncover genetic interactions in Caenorhabditis elegans by RNA interference Biosci Rep 25 5–6 299–307 2005 16307378 10.1007/s10540-005-2892-7 हालांकि प्रसव अधिकतर दूसरे जीवों में अधिक कठिन होता है, फिर भी स्तनपायी कोशिका युक्त कोशिका कल्चर में व्यापक पैमाने पर जिनॉमिक स्क्रिनिंग उपयोगिता के उपक्रम को हाथ में लेने के प्रयास जारी हैं।Cullen L, Arndt G Genome-wide screening for gene function using RNAi in mammalian cells https://archive.org/details/sim_immunology-and-cell-biology_2005-06_83_3/page/217 Immunol Cell Biol 83 3 217–23 2005 15877598 10.1111/j.1440-1711.2005.01332.x जीनोम-वाइड आरएनएआई लाइब्रेरियों के डिजाइन के प्रयास में, प्रयोगात्मक अवस्था के एक परिभाषित सेट के लिए एक एकल siRNA को डिजाइन करने की अपेक्षा अधिक परिष्करण की जरूरत हो सकती है। siRNA लाइब्रेरी के डिजाइनHuesken D, Lange J, Mickanin C, Weiler J, Asselbergs F, Warner J, Meloon B, Engel S, Rosenberg A, Cohen D, Labow M, Reinhardt M, Natt F, Hall J Design of a genome-wide siRNA library using an artificial neural network https://archive.org/details/sim_nature-biotechnology_2005-08_23_8/page/995 Nat Biotechnol 23 8 995–1001 2005 16025102 10.1038/nbt1118 और जीन नॉकडाउन में उनकी संभावित क्षमता को बताने में कृत्रिम स्नायु संबंधी नेटवर्कों का बार-बार उपयोग किया जाता है।Ge G, Wong G, Luo B Prediction of siRNA knockdown efficiency using artificial neural network models Biochem Biophys Res Commun 336 2 723–8 2005 16153609 10.1016/j.bbrc.2005.08.147 मास जीनोमिक स्क्रीनिंग को व्यापक तौर पर जिनॉम की व्याख्या के लिए एक आशाजनक विधि के रूप में देखा जाता है और इसने माइक्रोएरॉय पर आधारित हाई-थ्रुपुट स्क्रिनिंग विधि के विकास को गति दी है।Vanhecke D, Janitz M Functional genomics using high-throughput RNA interference Drug Discov Today 10 3 205–12 2005 15708535 10.1016/S1359-6446(04)03352-5Janitz M, Vanhecke D, Lehrach H High-throughput RNA interference in functional genomics Handb Exp Pharmacol 173 173 97–104 2006 16594612 10.1007/3-540-27262-3_5 हालांकि, इन स्क्रीन्स की उपयोगिता और गहन रूप से संबंधित प्रजातियों को भी सामान्यीकृत करने के लिए मॉडल जीवों पर विकसित तकनीकों का क्षमता को प्रश्नांकित किया गया है, उदाहरण के लिए सी. एलेगन्स से लेकर संबंधित परजीवीपरक नेमाटोड्स.Geldhof P, Visser A, Clark D, Saunders G, Britton C, Gilleard J, Berriman M, Knox D. RNA interference in parasitic helminths: current situation, potential pitfalls and future prospects Parasitology 134 Pt 5 1–11 2007 17201997 10.1017/S0031182006002071Geldhof P, Murray L, Couthier A, Gilleard J, McLauchlan G, Knox D, Britton C Testing the efficacy of RNA interference in Haemonchus contortus Int J Parasitol 36 7 801–10 2006 16469321 10.1016/j.ijpara.2005.12.004 आरएनएआई का उपयोग कर कार्यात्मक जीनोमिक्स, जिनॉमिक मानचित्रण और पौधों में एनोटेशन के लिए विशेष रूप से एक आकर्षक तकनीक है क्योंकि बहुत सारे पौधे पॉलीप्लॉयड होते हैं, जो अधिक पारंपरिक जेनेटिक अभियंत्रण विधि के लिए ठोस चुनौती उपस्थित करते हैं। उदाहरण के लिए, ब्रेड गेहूं (जो हेक्सपेलॉयड है)Travella S, Klimm T, Keller B RNA interference-based gene silencing as an efficient tool for functional genomics in hexaploid bread wheat https://archive.org/details/sim_plant-physiology_2006-09_142_1/page/n13 Plant Physiol 142 1 6–20 2006 16861570 10.1104/pp.106.084517 1557595 के साथ ही अधिक साधारण पादप मॉडल प्रमाली एराबिडोप्सिस और मक्का में कार्यात्मक जिनॉमिक अध्ययन के लिए आरएनएआई का सफलतापूर्वक उपयोग किया गया है।McGinnis K, Chandler V, Cone K, Kaeppler H, Kaeppler S, Kerschen A, Pikaard C, Richards E, Sidorenko L, Smith T, स्प्रिंगर N, Wulan T Transgene-induced RNA interference as a tool for plant functional genomics Methods Enzymol 392 1–24 2005 15644172 10.1016/S0076-6879(04)92001-0 औषधि थिरेपी में आररएनए हस्तक्षेप का शोषण संभव हो सकता है। हालांकि यह मुश्किल है कि इंटरफेरॉन प्रतिक्रिया के कारण स्तनपायी कोशिकाओं में लंबे dsRNA स्ट्रेंड का प्रवेश हो, फिर भी लघु हस्तक्षेपक आरएनए के प्रतिरूप अधिक सफल रहे हैं।Paddison P, Caudy A, Hannon G Stable suppression of gene expression by RNAi in mammalian cells Proc Natl Acad Sci USA 99 3 1443–8 2002 11818553 10.1073/pnas.032652399 122210 मैकुलर क्षरण और श्वास संबंधी सिंसिशिअल वायरसSah D Therapeutic potential of RNA interference for neurological disorders https://archive.org/details/sim_life-sciences_2006-10-04_79_19/page/n6 Life Sci 79 19 1773–80 2006 16815477 10.1016/j.lfs.2006.06.011 के इलाज में चिकित्सकीय परीक्षण तक पहुंचने के लिए प्रथम अनुप्रयोगों में आरएनएआइ को भी माउस मॉडल के प्रेरित लीवर विफलता के वियुत्क्रमण में प्रभावी होना दर्शाया गया था।Zender L, Hutker S, Liedtke C, Tillmann H, Zender S, Mundt B, Waltemathe M, Gosling T, Flemming P, Malek N, Trautwein C, Manns M, Kuhnel F, Kubicka S Caspase 8 small interfering RNA prevents acute liver failure in mice Proc Natl Acad Sci USA 100 13 7797–802 2003 12810955 10.1073/pnas.1330920100 164667 एंटिवायरल थिरेपी पर अन्य प्रस्तावित चिकित्सकीय उपयोग केन्द्र के साथ ही टोपिकल माइक्रोबाइसाइड चिकित्सा केन्द्र हैं, जो आरएनएआई का उपयोग हर्पस सिंप्लेक्स वायरस प्रकार 2 के द्वारा संक्रमण का इलाज (अब तक चूहे पर, हारवर्ड यूनिवर्सिटि मेडिकल स्कूल) करते हैं और कैंसर संबंधी कोशिकाओं में वायरल जीन अभिव्यक्ति का अवरोधनJiang M, Milner J Selective silencing of viral gene expression in HPV-positive human cervical carcinoma cells treated with siRNA, a primer of RNA interference Oncogene 21 39 6041–8 2002 12203116 10.1038/sj.onc.1205878, एचआइवी के लिए मजबान अभिग्राहक और सहअभिग्राहक को नॉकडाउनCrowe S Suppression of chemokine receptor expression by RNA interference allows for inhibition of HIV-1 replication, by Martínez et al. AIDS 17 Suppl 4 S103–5 2003 15080188 http://www.medscape.com/viewarticle/467320 30 अगस्त 2010 https://web.archive.org/web/20191205125901/https://www.medscape.com/viewarticle/467320 5 दिसंबर 2019 live , हेपाटाइटिस एKusov Y, Kanda T, Palmenberg A, Sgro J, Gauss-Müller V Silencing of hepatitis A virus infection by small interfering RNAs https://archive.org/details/sim_journal-of-virology_2006-06_80_11/page/5599 J Virol 80 11 5599–610 2006 16699041 10.1128/JVI.01773-05 1472172 और हेपाटाइसिस बी जीनोंJia F, Zhang Y, Liu C A retrovirus-based system to stably silence hepatitis B virus genes by RNA interference https://archive.org/details/biotechnology-letters_2006-10_28_20/page/1679 Biotechnol Lett 28 20 1679–85 2006 16900331 10.1007/s10529-006-9138-z का सायलेंसिंग, इन्फ्लूएंजा जीन अभिव्यक्ति का सायलेंसिंगLi Y, Kong L, Cheng B, Li K Construction of influenza virus siRNA expression vectors and their inhibitory effects on multiplication of influenza virus https://archive.org/details/sim_avian-diseases_2005-12_49_4/page/562 Avian Dis 49 4 562–73 2005 16405000 10.1637/7365-041205R2.1, फसरा वायरल प्रतिकृति का अवरोध करते हैं। हटिंगटन के रोगों जैसे पॉलिग्लुटामाइन रोगों पर विशेष ध्यान देते हुए, न्युरोडीजेनरेटिव रोगों के संभावित उपचार को भी प्रस्तावित किया गया है।Raoul C, Barker S, Aebischer P Viral-based modelling and correction of neurodegenerative diseases by RNA interference Gene Ther 13 6 487–95 2006 16319945 10.1038/sj.gt.3302690 ट्यूमर कोशिका में भिन्न रूप में उन्नत जीनों या कोशिका विभाजन में शामिल जीनों के सायलेंसिंग द्वारा कैंसर के इलाज के लिए आरएनए हस्तक्षेप को आशाजनक मार्ग के रूप में देखा जाता है।Izquierdo M Short interfering RNAs as a tool for cancer gene therapy Cancer Gene Ther 12 3 217–27 2005 15550938 10.1038/sj.cgt.7700791Putral L, Gu W, McMillan N RNA interference for the treatment of cancer Drug News Perspect 19 6 317–24 2006 16971967 10.1358/dnp.2006.19.6.985937 नैदानिक अनुप्रयोगों के लिए आरएनएआई के उपयोग में अनुसंधान का प्रमुख क्षेत्र सुरक्षित प्रसव विधि का विकास करना है, जिसमें अब तक जीन थिरेपी के लिए सुझाव दिए गए वे समान वायरल वेक्टर प्रणाली ही शामिल हैं।Takeshita F, Ochiya T Therapeutic potential of RNA interference against cancer https://archive.org/details/sim_cancer-science_2006-08_97_8/page/689 Cancer Sci 97 8 689–96 2006 16863503 10.1111/j.1349-7006.2006.00234.xLi C, Parker A, Menocal E, Xiang S, Borodyansky L, Fruehauf J Delivery of RNA interference Cell Cycle 5 18 2103–9 2006 16940756 आरएनएआई-आधारित दवाओं के लिए आशाजनक कोशिका कल्चर के अध्ययन के प्रसार के बावजूद, आरएनए हस्तक्षेप की सुरक्षा से जुड़ी कुछ चिंताएं खड़ी की गई हैं, विशेषकर "ऑफ-टारगेट" प्रभाव के लिए क्षमता, जिसमें लक्ष्य की गई जीन के लिए संयोग से समान अनुक्रम युक्त एक जीन को दमित कर दिया जाता है।Tong A, Zhang Y, Nemunaitis J Small interfering RNA for experimental cancer therapy Curr Opin Mol Ther 7 2 114–24 2005 15844618 एक कम्प्यूटेशनल जीनोमिक्स अध्ययन ने अनुमान लगाया है कि ऑफ-टारगेट अंत:क्रिया का त्रुटि दर लगभग 10% है। प्रयोगात्मक जानवरों में उच्च मृत्यु दर का नेतृत्व करने वाले चूहों के लीवर के एक प्रमुख अध्ययन, shRNA के उपयोग के कारण जिसका शोधकर्ताओं द्वारा आरएनए मार्ग के अतिसांद्रता के परिणाम रूप में सुझाव दिया गया है, जिसको नाभिक में प्रसंस्करित किया जाना है और उसे एक सक्रिय यंत्रावली का उपयोग कर साइटोप्लाज्म में भेजा जाना है।Grimm D, Streetz K, Jopling C, Storm T, Pandey K, Davis C, Marion P, Salazar F, Kay M Fatality in mice due to oversaturation of cellular microRNA/short hairpin RNA pathways https://archive.org/details/sim_nature-uk_2006-05-25_441_7092/page/n192 Nature 441 7092 537–41 2006 16724069 10.1038/nature04791 ये सभी विचार हैं जो आरएनएआई के लिए संभावित उपचारात्मक अनुप्रयोगों में उनके प्रभाव को कम करने के लिए सक्रिय जांच के तहत हो रहे हैं। आरएनए हस्तक्षेप पर आधारित अनुप्रयोगों को लक्ष्य दीर्घस्थायी एचआइवी-1 संक्रमण के लिए विकसित किया जा रहा है। एचआईवी-1 जैसे वायरस आरएनएआई-हमले के लिए विशेष रूप से कठिन लक्ष्य होते हैं क्योंकि वे पलायन-प्रवण होते हैं, जिन्हें वायरल को भागने से रोकने के लिए काँबिनेटोरियल आरएनएआई रणनीति की आवश्यकता होती है। एंटिवायरल आरएनएआई चिकित्सा का भविष्य बहुत आशाजनक है, लेकिन आरएनएआई इंड्युसर्स के स्पष्टतया व्याख्या क्रम-विशेष क्रिया के लिए पूर्व-चिकित्सकीय माडलों में बहुत सारे नियंत्रणों को शामिल करने के लिए यह कठिन महत्वपूर्ण वाला बना रहता है।Berkhout, B; ter Brake, O 2010 RNAi Gene Therapy to Control HIV-1 Infection RNA Interference and Viruses: Current Innovations and Future Trends Caister Academic Press 978-1-904455-56-1 registration https://archive.org/details/ 23 अक्तूबर 2019 https://web.archive.org/web/20191002040748/https://archive.org/details/ 2 अक्तूबर 2019 live जैव प्रौद्योगिकी आरएनए हस्तक्षेप को जैव प्रौद्योगिकी के अनुप्रयोगों में उपयोग किया गया है, विशेषकर खाद्य पौधों में जो पोषक पादप टॉक्सिन के निम्न स्तर का उत्पादन करता है। ऐसी तकनीकें पादप भंडारों में स्थिर और पैतृक आरएनएआई फेनोटाइप का लाभ उठाती हैं। उदाहरण के लिए, कपास के दाने खाद्य प्रोटीन के धनी होते हैं लेकिन स्वाभाविक रूप से उनमें मानव खपत के लिए अनुचित बनाता हुआ विषाक्त टरपेनॉयड उत्पाद गॉसीपॉल शामिल रहता है। आरएनएआई का उपयोग कपास भंडार के उत्पादन के लिए किया गया है, जिसके दानों में निम्न स्तर के डेल्टा-कैटिनेन सिन्थेज शामिल रहते हैं, ये गॉसीपॉल उत्पादन में एक कुंजी एंजाइम की तरह हैं जो पौधों के अन्य भागों में एंजाइम उत्पादन को प्रभावित नहीं करते, जहां पौधों की बिमारी से हुए नुकसान को रोकने में गॉसीपॉल महत्वपूर्ण होते हैं।Sunilkumar G, Campbell L, Puckhaber L, Stipanovic R, Rathore K Engineering cottonseed for use in human nutrition by tissue-specific reduction of toxic gossypol https://archive.org/details/sim_proceedings-of-the-national-academy-of-sciences-usa_2006-11-28_103_48/page/18054 Proc Natl Acad Sci USA 103 48 18054–9 2006 17110445 10.1073/pnas.0605389103 1838705 ऐसे प्रयासों को कसावा पौधों में सायनोजेनिक प्राकृतिक उत्पादन लिनामैरिन को घटाने की दिशा में निर्देशित किया गया है।Siritunga D, Sayre R Generation of cyanogen-free transgenic cassava https://archive.org/details/sim_planta_2003-07_217_3/page/367 Planta 217 3 367–73 2003 14520563 10.1007/s00425-003-1005-8 हालांकि कोई भी पादप उत्पाद, जो आरएनएआई-आधारित जेनेटिक अभियंत्रण का उपयोग करता है, अब तक प्रयोगात्मक चरण को पार नहीं कर पाया है, फिर भी विकास के प्रयासों ने टमाटर के पौधों में एलर्जेन के स्तर को सफलतापूर्वक कम किया है,Le L, Lorenz Y, Scheurer S, Fötisch K, Enrique E, Bartra J, Biemelt S, Vieths S, Sonnewald U Design of tomato fruits with reduced allergenicity by dsRNAi-mediated inhibition of ns-LTP (Lyc e 3) expression Plant Biotechnol J 4 2 231–42 2006 17177799 10.1111/j.1467-7652.2005.00175.x और तंबाकू के पौधों में संभावित कर्सिनोजेन्स के पूर् लक्षण को घटाया है।Gavilano L, Coleman N, Burnley L, Bowman M, Kalengamaliro N, Hayes A, Bush L, Siminszky B Genetic engineering of Nicotiana tabacum for reduced nornicotine content J Agric Food Chem 54 24 9071–8 2006 17117792 10.1021/jf0610458 अन्य पादप लक्षण है जो कि प्रयोगशाला में अभियंत्रित किए गए हैं, उनमें अफीम पोस्ते के द्वारा गैर-मादक प्राकृतिक उत्पाद का उत्पादन,Allen R, Millgate A, Chitty J, Thisleton J, Miller J, Fist A, Gerlach W, Larkin P RNAi-mediated replacement of morphine with the nonnarcotic alkaloid reticuline in opium poppy https://archive.org/details/sim_nature-biotechnology_2004-12_22_12/page/1559 Nat Biotechnol 22 12 1559–66 2004 15543134 10.1038/nbt1033 आम पादप वायरसों के लिए प्रतिरोध,Zadeh A, Foster G Transgenic resistance to tobacco ringspot virus Acta Virol 48 3 145–52 2004 15595207 और आहार एंटिऑक्सिडेंट युक्त टमाटर जैसे पौधों का सुदृढ़ीकरण शामिल हैं।Niggeweg R, Michael A, Martin C Engineering plants with increased levels of the antioxidant chlorogenic acid https://archive.org/details/sim_nature-biotechnology_2004-06_22_6/page/746 Nat Biotechnol 22 6 746–54 2004 15107863 10.1038/nbt966 0}Flavr Savr टमाटर और रिंगस्पॉट-प्रतिरोधी पपीता के दो कल्टिवार को शामिल करते हुए पूर्ववर्ती व्यापारिक उत्पादों का मौलिक रूप से विकास एंटिसेंस तकनीक का प्रयोग कर किया गया लेकिन संभवत: आरएनएआई मार्ग का शोषण किया गया।Chiang C, Wang J, Jan F, Yeh S, Gonsalves D Comparative reactions of recombinant papaya ringspot viruses with chimeric coat protein (CP) genes and wild-type viruses on CP-transgenic papaya J Gen Virol 82 Pt 11 2827–36 2001 11602796Sanders R, Hiatt W Tomato transgene structure and silencing https://archive.org/details/sim_nature-biotechnology_2005-03_23_3/page/287 Nat Biotechnol 23 3 287–9 2005 15765076 10.1038/nbt0305-287b इतिहास और खोज thumb|250px|right|उदाहरण के लिए पेट्युनिया प्लांट्स जिसमें पिगमेंटेशन के लिए साइलेंस है। द लेफ्ट प्लांट इस वाइल्ड-टाइप; द राइट प्लांट्स कन्टेन ट्रांस्जींस दैट इन्द्युस सप्रेशन ऑफ़ बोथ ट्रांस्जिन एंड इंडोजेनस जीन एक्सप्रेशन, गिविंग राइज़ टू द अपपिग्मेंटेड व्हाइट एरियाज़ ऑफ़ द फ्लावर.[285] आरएनएआई की खोज पहली बार ट्रांस्जेनिक पौधों में अभिव्यक्त एंटिसेंस अरएनए द्वारा ट्रांस्क्रिप्शनल अवरोध का अवलोकन करEcker JR, Davis RW Inhibition of gene expression in plant cells by expression of antisense RNA https://archive.org/details/sim_proceedings-of-the-national-academy-of-sciences-usa_1986-08_83_15/page/5372 Proc Natl Acad Sci USA 83 15 5372–5376 1986 10.1073/pnas.83.15.5372 16593734 386288 और 1990 के दशक में अमेरिका और नीदरलैंड्स के वौज्ञानिकों द्वारा किए गए प्रयोग के अनपेक्षित परिणामों की रिर्पोर्ट के द्वारा अधिक सीधे ढंग से किया गया।Napoli C, Lemieux C, Jorgensen R Introduction of a Chimeric Chalcone Synthase Gene into Petunia Results in Reversible Co-Suppression of Homologous Genes in trans https://archive.org/details/sim_plant-cell_1990-04_2_4/page/279 Plant Cell 2 4 279–289 1990 12354959 10.1105/tpc.2.4.279 159885 संध्या मालती में रंग को बदलने के एक प्रयास में शोधकर्ता एक जीन इनकोडिंग कैलकोन सिन्थेज, सामान्यत: गुलाबी और बैंगनी फूल के रंगो की संध्या मालती के पौधों के फूल के पिगमेंटेशन के लिए एक कुंजी एंजाइम, की एक अतिरिक्त प्रति को सामने लाए. अतिअभिव्यक्त जीन से अधिक गहरे फूल के परिणाम की आशा की गई, लेकिन उसने कम पिगमेंट किए हुए आधे सफेद फूलों को पैदा किया, यह संकेत देते हुए कि कैलकोन सिन्थेज की सक्रियता काफी हद तक घट चुकी थी; वास्तव में, एंडोजेमस जीन और ट्रांसजीन दोनों सफेद फूलों में डाउनरेगुलेट हो गए। तुरंत बाद, एक संबंधित घटना क्वेलिंग को फंगस न्युरोस्पोरा क्रासा में दर्ज किया गया, हलांकि उसे संबंधित होने के रूप में तुरंत नहीं पहचाना गया।Romano N, Macino G Quelling: transient inactivation of gene expression in Neurospora crassa by transformation with homologous sequences https://archive.org/details/sim_molecular-microbiology_1992-11_6_22/page/3343 Mol Microbiol 6 22 3343–53 1992 1484489 10.1111/j.1365-2958.1992.tb02202.x पौधों में फिनोमेनॉन के आगे की खोज ने यह संकेत दिया कि डाउनरेगुलेशन mRNA क्षरण के बढ़े हुए दर के माध्यम से जीन अभिव्यक्ति के परा-अवरोध के कारण हुआ। Van Blokland R, Van der Geest N, Mol JNM, Kooter JM Transgene-mediated suppression of chalcone synthase expression in Petunia hybrida results from an increase in RNA turnover Plant J 1994 6 861–77 http://doi.org/10.1046/j.1365-313X.1994.6060861.x/abs/ 10.1046/j.1365-313X.1994.6060861.x/abs/ इस घटना को जीन अभिव्यक्ति का सह-दमन कहा गया, लेकिन आणविक प्रणाली अनजान बनी रही। Antisense nucleic acids and proteins: fundamentals and applications Mol JNM, van der Krol AR 1991 4, 136 M. Dekker 0824785169 https://archive.org/details//page/4 इसके तुरंत बाद ही वायरल रोगों से पौधों के बचाव को सुधारने के लिए काम कर रहे विषाणुविदों ने एक समान घटना का अवलोकन किया। जबकि यह ज्ञात था कि वायरस-विशेष प्रटीन को अभिव्यक्त कर रहे पौधों ने वायरल संक्रमण के प्रति प्रतिरोध या सहिष्णुता दिखायी, यह अनपेक्षित था कि वायरल आरएनए अनुक्रम के केवल लघु, गैर-कोडिंग क्षेत्र समान स्तर की सुरक्षा दरसाएंगे. शोधकर्ताओं का मानना था कि ट्रांसजीन द्वारा उत्पादित वायरल आरएनए वारयल प्रतिकृति को रोक सकते हैं। Covey S, Al-Kaff N, Lángara A, Turner D Plants combat infection by gene silencing https://archive.org/details/sim_nature-uk_1997-02-27_385_6619/page/n64 Nature 1997 385 781–2 10.1038/385781a0 इसके विपरीत प्रयोग, जिसमें पादप जीन के लघु अनुक्रम को लागू किया गया, ने यह दिखाया कि एक संक्रमित पौधे में लक्ष्य किए गए जीन को दमित किया गया था। इस घटना का लेबल था, "वायरस-प्ररित जीन सायलेंसिंग (VIGS) और इस तरह की घटना को सामूहिक रूप से पोस्ट ट्रांस्क्रिप्शनल जीन सायलेसिंग कहा जाता था। Ratcliff F, Harrison B, Baulcombe D A Similarity Between Viral Defense and Gene Silencing in Plants https://archive.org/details/sim_science_1997-06-06_276_5318/page/n95 Science 1997 276 1558–60 10.1126/science.276.5318.1558 पौधों में इन प्रारंभिक अवलोकनों के बाद अन्य जीवों में इस घटना की खोज विश्व भर के बहुत सारे प्रयोगशालाओं में की गई।Pal-Bhadra M, Bhadra U, Birchler J Cosuppression in Drosophila: gene silencing of Alcohol dehydrogenase by white-Adh transgenes is Polycomb dependent https://archive.org/details/cell_1997-08-08_90_3/page/479 Cell 90 3 479–90 1997 9267028 10.1016/S0092-8674(00)80508-5Guo S, Kemphues K par-1, a gene required for establishing polarity in C. elegans embryos, encodes a putative Ser/Thr kinase that is asymmetrically distributed https://archive.org/details/cell_1995-05-19_81_4/page/611 Cell 81 4 611–20 1995 7758115 10.1016/0092-8674(95)90082-9 क्रेग सी. मेलो और एंड्रयू फायर के 1998 के नेचर शोध पत्र ने सी.एलेगन्स में डबल स्ट्रेंडेड आरएनए का इंजेक्शन लगाने के बाद एक शक्तिशाली जीन सायलेंसिंग होने की सूचना दी. मांशपेशियों के प्रोटीन के उत्पादन की खोज में उन्होंने यह अवलोकन किया कि न तो mRNA और ना ही एंटिसेंस आरएनए इंजेक्शन का प्रोटीन उत्पादन पर कोई प्रभाव था, लेकिन डबल-स्ट्रेंडेड आरएनए ने लक्ष्य किए गए जीन को सायलेंस कर दिया. इस काम के परिणाम के बाद उन्होंने RNAi शब्द गढ़ा. फायर और मेलो की खोज विशेष रूप से उल्लेखनीय थी, क्योंकि इसने इस घटना के लिए प्रेरक एजेंट की पहली पहचान का प्रतिनिधित्व किया। 2006 में फायर और मेलो को उनके कार्य के लिए फिजियोलॉजी या चिकित्सा के क्षेत्र में नोबेल पुरस्कार से सम्मानित किया गया। सन्दर्भ 2 बाहरी कड़ियाँ कैम्ब्रिज विश्वविद्यालय से द नेकेड साइंटिस्ट आरएनएआई (RNAi) अवलोकन की प्रक्रिया. प्रकृति से, आरएनएआई (RNAi) प्रक्रिया एनिमेशन नोवा (NOVA) साइंसनाओं एक्स्प्लेंस आरएनएआई (RNAi) - नोवा ब्रौडकास्ट जो पीबीएस (PBS) पर है उसमें 15 मिनट का वीडियो प्रसारित. 26 जुलाई 2005 http://www.plosbiology.org/plosonline/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pbio.0020133 Planting the Seeds of a New Paradigm साइलेंसिंग जीनोम RNA का हस्तक्षेप और शाही सेना हस्तक्षेप (आरएनएआई) प्रयोगों और शिक्षा के लिए सी. एलेगंस में जैव सूचना. कोल्ड स्प्रिंग हार्बर प्रयोगशाला के अध्ययन केंद्र के डोलन डीएनए (DNA). सी. एलेगंस में एक 96-अच्छी तरह से तरल स्वरूप में आरएनएआई (RNAi) स्क्रीन और उनके आनुवंशिक सहभागिताओं की पहचान व्यवस्थित करने के लिए अनुप्रयोग (एक प्रोटोकॉल) एनवाई (NY) टाइम्स, से आरएनए के 'वॉर्म पीपल' के लिए नोबल 2 अमेरिकी'' थेराप्युटिक प्रक्रिया के रूप में RNAi में मुफ्त लेखों का एक संग्रह मोलिक्यूलर थेरपी वेब फोकस: "द डेवलपमेंट ऑफ़ RNAi ऐज़ अ थेराप्युटिक स्ट्रेटेजी",'' श्रेणी:आर॰ऍन॰ए॰ श्रेणी:आरएनए हस्तक्षेप श्रेणी:जीन व्यवहार श्रेणी:आण्विक अनुवांशिकी श्रेणी:गूगल परियोजना